Wikicima - Contribuciones del usuario [es]

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2020-05-28T17:31:22Z

Elio.campitelli: /* Documentación */

== SCAD del CIMA (Cluster) ==
=== Reglamento de uso del SCAD del CIMA ===
Versión descargable: [[ Media:SCAD-Reglamento_de_uso.pdf‎ | SCAD-Reglamento_de_uso‎ ]]

==== General ====

*El siguiente reglamento puede ser modificado sin previo aviso y es responsabilidad de los usuarios mantenerse informados leyendo el mismo regularmente.

*El SCAD del CIMA sólo se puede utilizar para realizar corridas de procesos en paralelo con fines de investigación científica

*Todo usuario DEBE suscribirse al foro del SCAD del CIMA

*Toda consulta DEBE canalizarse mediante el foro del SCAD del CIMA

*El SCAD es un recurso compartido por todos, por lo que debe usarse de forma RESPONSABLE y no se debe abusar del mismo

==== De su uso ====

*Está absolutamente prohibido navegar en internet o descargar archivos a través de los clusters. Sólo están permitidas las conexiones hacia los clusters a través de protocolos seguros (ssh, scp, etc.).

*La administración de las corridas (jobs) en los clusters se realiza a través de un sistema de colas (pbs). Esta prohibido lanzar corridas fuera del sistema de colas

*La cantidad de trabajos que pueden estar corriendo, depende de la cantidad y el tipo de nodos que hayan sido solicitados para cada una de las corridas.

*Sólo se puede utilizar para corridas de código paralelizado. Bajo ningún concepto se debe usar el nodo principal para correr programas seriales (Ej: pre y post procesamiento de los datos).

==== Almacenamiento ====

*Todos los archivos de salida deben ser almacenados en el directorio temporal compartido por todos los usuarios (/salidas/$USUARIO). Los archivos pueden permanecer almacenados en este directorio durante un plazo máximo de 30 días al cabo de los cuales serán automáticamente eliminados.

*Cada usuario contará con un “$HOME” de poco tamaño para almacenar archivos permanentes (Ej: Programas, códigos, etc)

==== Agradecimiento ====

*Toda publicación que haya utilizado recursos del SCAD del CIMA debe contener el siguiente agradecimiento:
“Simulations were made with the high-performance computing clusters available at CIMA/UBA-CONICET, Argentina”

=== Autoridades ===
;Comité Asesor Científico:
: Claudio Menendez
: Juan Ruiz
: Celeste Saulo
: Silvina Solman
: Claudia Simionato (Directora CIMA)

;Coordinador:
: Juan Ruiz

;Supervisor:
: Gabriel Vieytes

=== Monitoreo ===

Página de monitoreo y estadísticas del SCAD del CIMA
*''''' http://scad.cima.fcen.uba.ar/

=== Solicitud de cuenta para uso del SCAD del CIMA ===
Para poder hacer uso de los cluster del SCAD del CIMA, es necesario solicitar el alta de usuario en el [http://scad.cima.fcen.uba.ar/newuser link] siguiente:

*''''' http://scad.cima.fcen.uba.ar/newuser

Más información haciendo click [[Solicitud de cuenta para uso del SCAD del CIMA | aqui]]

=== Guía de usuario del SCAD del CIMA ===
Acceso a la Guía de usuario haciendo click [[Guía de usuario del SCAD del CIMA | aqui]]

=== Composición del SCAD del CIMA ===
Detalle de software y hardware que conforman el SCAD del cima haciendo click [[Composición del SCAD del CIMA | aqui ]]

=== Links ===
Links de referencia haciendo click [[Links | aqui ]]

=== Consultas / Dudas ===
Para realizar consultas o quitarse dudas acerca del uso del cluster, utilizar el foro del CIMA
*''''' http://foro.cima.fcen.uba.ar

=== FAQ ===
Preguntas frecuentes haciendo click [[FAQ | aqui ]]

== Datos ==
De los datos disponibles en el clúster SCAD (hydra) para simular (forzantes para modelos cómo el WRF, ORCHIDEE, ...) aquí [[DatosSCADSimular]]

Del grupo <B>ILLAPA</B>: 'Mecanismos del clima regional y sus impactos' descritos aquí [[DatosRCMSueloAtmosfera]]

== Reanalysis ==
'''Copia de los archivos para uso interno del CIMA'''. Datos Disponibles via FTP y DODS(**) de:
NCEP Climate Forecast System Reanalysis (CFSR)
ds093.0: 6-hourly Products / Reanalysis 1980-2010(*) / http://rda.ucar.edu/datasets/ds093.0/index.html

Para descargar los archivos via '''FTP''': ftp://usuario:password@datos.cima.fcen.uba.ar

Para abrir los archivos en forma remota '''DODS''': http://gds.cima.fcen.uba.ar:9090/dods/

'''Descripción y ayudas:''' http://www.cima.fcen.uba.ar/CFSR.html

'''Resolucion horizontal'''

Sudamerica: 0.5° x 0.5° - 15°N a 65°S y 30°W a 85°W ( 110 x 160 Longitud/Latitud)

Global: 2.5° x 2.5° - 90°N a 90°S y 0°E a 357.5°E ( 144 x 73 Longitud/Latitud)

'''Resolucion vertical''' en las variables de Nivel: 32 niveles de presión (mbar)

1000 975 950 925 900 875 850 825 800 775 750 700 650 600 550 500 450 400 350 300 250 225 200 175 150 125 100 70 50 30 20 10

'''Período''' 31 Años : 1980/01/01 a 2010/12/31

'''Frecuencia del Pronostico''': 0 6 12 18 h

'''25 VARIABLES DE SUPERFICIE'''

'''6 VARIABLES DE PRESION'''

== Modelos ==

*[[RCA]]

*[[WRF]]

*[[CESM]]

*[[MARS]]

*[[ORCHIDEE]]

== Documentación ==
*[[Redes avanzadas]]

*[[Libros]]

*[[Memoria Compartida (e.g.OpenMP)]]

*[[anaconda]]

*[[llaves ssh]]

*[[entornos python]]

*[[Configuración correo electrónico]]

*[[procesos zombies]]

*[[parTUXza]]

*[[Seguimiento simulaciones]]

*[[Spyder]]

*[[Rstudio]]

== Reparaciones ==
*Documentación para ingreso de personal de service [[ Media:SEGUROS_CONTRAT_2016.pdf‎ | Seguros‎ ]]

*[[Empresas para service de AA]]

== Becarios ==

== Problemas habituales ==
* [[Phishing]]

Rstudio

2020-05-28T02:26:38Z

Elio.campitelli: /* Corriendo RStudio */

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos uno a uno, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

Es medio confuso. Para aclarar: el puerto 8787 es el puerto del servidor remoto donde "corre" RStudio Server y no se puede cambiar. El puerto 4571 es el puerto local, que puede ser cualquier puerto disponible de la máquina local. El tráfico que pasa por ese puerto pasa al puerto 8787 del servidor remoto.

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. El siguiente script primero cierra el tunel, si existía, y lo crea de nuevo y luego abre firefox la dirección y puerto correcto. Modificá NOMBRE, USUARIO y SERVER (y el puerto, si querés), guardalo en la carpeta ~/bin/, hacelo ejecutable (con chmod +x archivo) y luego lo vas a poder correr invocando el nombre del archivo.

<pre>
!/bin/bash
pkill -f rstudio_tunnel
bash -c "exec -a rstudio_tunnel ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVER:8787 -N &"

firefox localhost:4571
</pre>

Si no tenés firefox o querés usar otro explorador, cambiá la última línea. Si usás más de un servidor con RStudio Server, podés crear una copia de este script con otro nombre y cambiando el puerto y el nombre "rstudio_tunnel".

Rstudio

2020-05-28T01:48:30Z

Elio.campitelli: /* Poniendo las cosas en un script */

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos uno a uno, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. El siguiente script primero cierra el tunel, si existía, y lo crea de nuevo y luego abre firefox la dirección y puerto correcto. Modificá NOMBRE, USUARIO y SERVER (y el puerto, si querés), guardalo en la carpeta ~/bin/, hacelo ejecutable (con chmod +x archivo) y luego lo vas a poder correr invocando el nombre del archivo.

<pre>
!/bin/bash
pkill -f rstudio_tunnel
bash -c "exec -a rstudio_tunnel ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVER:8787 -N &"

firefox localhost:4571
</pre>

Si no tenés firefox o querés usar otro explorador, cambiá la última línea. Si usás más de un servidor con RStudio Server, podés crear una copia de este script con otro nombre y cambiando el puerto y el nombre "rstudio_tunnel".

Rstudio

2020-05-28T01:28:00Z

Elio.campitelli: /* Poniendo las cosas en un script */

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos uno a uno, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. El siguiente script primero cierra el tunel, si existía, y lo crea de nuevo y luego abre firefox la dirección y puerto correcto. Modificá NOMBRE, USUARIO y SERVER (y el puerto, si querés), guardalo en la carpeta ~/bin/, hacelo ejecutable (con chmod +x archivo) y luego lo vas a poder correr invocando el nombre del archivo.

<pre>
!/bin/bash
pkill -f rstudio_tunnel
bash -c \"exec -a rstudio_tunnel ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVER:8787 -N &\"

firefox localhost:4571
</pre>

Si no tenés firefox o querés usar otro explorador, cambiá la última línea. Si usás más de un servidor con RStudio Server, podés crear una copia de este script con otro nombre y cambiando el puerto y el nombre "rstudio_tunnel".

Rstudio

2020-05-28T00:05:41Z

Elio.campitelli: /* Setup */

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos uno a uno, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Si corrés el comando de abajo (agregando tu usuario, servidor y cambiando el puerto si querés), se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
mkdir -p $HOME/.local/bin
echo '#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571
export NOMBRE=rstudio_tunnel

pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > $HOME/.local/bin/rstudioserver
chmod +x $HOME/.local/bin/rstudioserver
source $HOME/.profile
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Rstudio

2020-05-28T00:04:47Z

Elio.campitelli:

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos uno a uno, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
</pre>
<pre>
ssh-keygen
</pre>
<pre>
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Si corrés el comando de abajo (agregando tu usuario, servidor y cambiando el puerto si querés), se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
mkdir -p $HOME/.local/bin
echo '#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571
export NOMBRE=rstudio_tunnel

pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > $HOME/.local/bin/rstudioserver
chmod +x $HOME/.local/bin/rstudioserver
source $HOME/.profile
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Rstudio

2020-05-27T23:57:22Z

Elio.campitelli: /* Poniendo las cosas en un script */

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Primero corré los comandos de abajo uno a uno cambiando las cosas por tu usuario, y el servidor; PUERTO y NOMBRE pueden quedar igual.

<pre>
export USUARIO=tu usuario
</pre>
<pre>
export SERVER=servidor con rstudio
</pre>
<pre>
export PUERTO=4571
</pre>
<pre>
export NOMBRE=rstudio_tunnel
</pre>

Despúes, si corrés el comando de abajo se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
mkdir -p $HOME/.local/bin
echo '#!/bin/bash
pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > $HOME/.local/bin/rstudioserver
chmod +x $HOME/.local/bin/rstudioserver
source $HOME/.profile
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Rstudio

2020-05-27T23:54:44Z

Elio.campitelli: /* Poniendo las cosas en un script */

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Si corrés el comando de abajo (agregando tu usuario, servidor y cambiando el puerto si querés), se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
mkdir -p $HOME/.local/bin
echo '#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571
export NOMBRE=rstudio_tunnel

pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > $HOME/.local/bin/rstudioserver
chmod +x $HOME/.local/bin/rstudioserver
source $HOME/.profile
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Rstudio

2020-05-27T23:52:07Z

Elio.campitelli:

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Si corrés el comando de abajo (agregando tu usuario, servidor y cambiando el puerto si querés), se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
mkdir $HOME/.local/bin
echo '#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571
export NOMBRE=rstudio_tunnel

pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > $HOME/.local/bin/rstudioserver
chmod +x $HOME/.local/bin/rstudioserver
source $HOME/.profile
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Rstudio

2020-05-27T20:41:08Z

Elio.campitelli:

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Si corrés el comando de abajo (agregando tu usuario, servidor y cambiando el puerto si querés), se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
echo '#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571
export NOMBRE=rstudio_tunnel

pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > ~/bin/rstudioserver
chmod +x ~/bin/rstudioserver
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.17.19.png

2020-05-27T20:40:56Z

Elio.campitelli: Elio.campitelli subió una nueva versión de «Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.17.19.png»

Ventana principal de Rstudio server

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.17.19.png

2020-05-27T20:40:55Z

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Ventana principal de Rstudio server

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png

2020-05-27T20:39:38Z

Elio.campitelli: Elio.campitelli subió una nueva versión de «Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png»

Página de login de RStudio Server

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png

2020-05-27T20:38:54Z

Elio.campitelli: Elio.campitelli subió una nueva versión de «Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png»

Página de login de RStudio Server

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png

2020-05-27T20:38:15Z

Elio.campitelli: Elio.campitelli subió una nueva versión de «Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png»: small

Página de login de RStudio Server

Rstudio

2020-05-27T20:30:43Z

Elio.campitelli: /* Desde la red del CIMA */

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servidor que quieras usar. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png|frame|50px]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png|500px]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel para conectarse a través de portal, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, necesitás crear las llaves ssh desde tu computadora. Podés correr estos comandos, cambiando el usuario en la primera línea para configurar las llaves si nunca lo hiciste.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Si corrés el comando de abajo (agregando tu usuario, servidor y cambiando el puerto si querés), se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
echo '#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571
export NOMBRE=rstudio_tunnel

pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > ~/bin/rstudioserver
chmod +x ~/bin/rstudioserver
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Rstudio

2020-05-27T20:06:36Z

Elio.campitelli:

== Usando RStudio Server en el servidor ==

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA ===

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servido. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png|500px]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png|500px]]

=== Desde cualquier otra red ===

==== Setup ====

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, desde tu computadora corré estos comandos, cambiando el usuario en la primera línea.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

==== Corriendo RStudio ====

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script ===

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, podés meter eso en un script. Si corrés el comando de abajo (agregando tu usuario, servidor y cambiando el puerto si querés), se va a crear un script ejecutable en ~/bin/rstudioserver.

<pre>
echo '#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571
export NOMBRE=rstudio_tunnel

pkill -f $NOMBRE
bash -c "exec -a $NOMBRE ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO' > ~/bin/rstudioserver
chmod +x ~/bin/rstudioserver
</pre>

La penúltima línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Una vez que corras esas líneas, abrí una nueva terminal y vas a poder abrir RStudio Server con sólo escribir rstudioserver.

Si tenés varios servidores donde corrés RStudio Server, podés crear archivos distintos. Lo importante es que cambies PUERTO y NOMBRE para que sean distintos.

Rstudio

2020-05-27T19:56:55Z

Elio.campitelli: Instrucciones para usar rstudio server

== Usando RStudio Server en el servidor.

Si el servidor del CIMA que estás usando tiene RStudio Server instalado y corriendo (preguntá a tu soporte amigo), podés acceder a él desde cualquier computadora y correr R remotamente.

=== Desde la red del CIMA

Si tu computadora está conectada a la red del CIMA, lo único que tenés que hacer es ir a un explorador e ir a la dirección SERVIDOR:8787. Donde SERVIDOR es la dirección del servido. Esto te va a llevar a la página de login donde tenés que usar tu usuario y contraseña del servidor. En la imágen de abajo, por ejemplo, se muestra la página de login en vegeta.cima.fcen.uba.ar

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.10.52.png|500px]]

Una vez iniciada la sesión, se te va a abrir una sesión de RStudio igual que cualquier otra:

[[Archivo:Screenshot_from_2020-05-27_16.17.19.png|500px]]

=== Desde cualquier otra red

Si tu computadora está conectada a una red externa (por ejemplo, en tu casa), primero hay que hacer un tunel, lo cual necesita un poco de preparación previa. Primero, desde tu computadora corré estos comandos, cambiando el usuario en la primera línea.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Esto genera un par de claves rsa. Cuando te pida que confirmes el lugar donde guardar la clave ("Enter file in which to save the key (/home/USUARIO/.ssh/id_rsa)") dale enter. Luego te va a pedir una contraseña para esa clave (opcional). Luego va a copiar la clave pública a portal.cima.fcen.uba.ar. Te va a pedir tu contraseña (la que usás para entrar al servidor, no la de la clave que acabás de crear).

Ahora entrá a portal con el comando

<pre>
ssh $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar
</pre>

Si todo anduvo bien, no debería pedirte contraseña y deberías estar en portal. Ahora vamos a hacer lo mismo, pero para poder logearte sin contraseña desde portal hacia el servidor donde querés correr RStudio Server. Es decir, sin salir de portal, corré estos comandos, modificando tu usuario y el servidor.

<pre>
export USUARIO=tu usuario en el servidor
export SERVIDOR=el servidor que tiene rstudio server

ssh-keygen
ssh-copy-id $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Va a pasar lo mismo que antes. Finalmente, probá que todo esté andando usando corriendo este comando para entrar al servidor.

<pre>
ssh $USUARIO@$SERVIDOR
</pre>

Si todo salió bien, no debería pedirte contraseña y está todo listo.

Ahora cerrá esa terminal y abrí una nueva en tu computadora local y corré este comando, reemplazando USUARIO y SERVIDOR por tu usuario y el servidor donde está corriendo RStudio Server; el puerto 4571 es aleatorio y podés usar cualquiera que no esté en uso.

<pre>
ssh -f USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L 4571:SERVIDOR:8787 -N &
</pre>

Si todo salió bien, ahora andá a un explorador y andá a "localhost:4571" y vas a ver la ventana de login de RStudio! 🎉️

=== Poniendo las cosas en un script

Para no tener que acordarse y escribir todo eso cada vez que querés usar RStudio Server desde tu compu, lo que podés hacer es guardar este script en tu computadora local y ejecutarlo cada vez que querés abrir RStudio server:

<pre>
#!/bin/bash
export USUARIO=tu usuario
export SERVER=servidor con rstudio
export PUERTO=4571

pkill -f rstudio_tunnel
bash -c "exec -a rstudio_tunnel ssh -f $USUARIO@portal.cima.fcen.uba.ar -L $PUERTO:$SERVIDOR:8787 -N &"

firefox localhsot:$PUERTO
</pre>

De nuevo, poné tu usuario y servidor y, si querés, cambiá el puerto. La última línea asume que tenés firefox instalado. Podés cambiar esa línea por alguna que ejecute tu explorador favorito.

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.17.19.png

2020-05-27T19:17:50Z

Elio.campitelli: Ventana principal de Rstudio server

Ventana principal de Rstudio server

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png

2020-05-27T19:14:32Z

Elio.campitelli: Elio.campitelli subió una nueva versión de «Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png»: cambia el url

Página de login de RStudio Server

Archivo:Screenshot from 2020-05-27 16.10.52.png

2020-05-27T19:11:32Z

Elio.campitelli: Página de login de RStudio Server

Página de login de RStudio Server

CDO/NCOs

2019-06-13T15:51:59Z

Elio.campitelli: /* Instalación */

= Instalación =

Para instalar CDO, NCO y las librerías para trabajar con archivos NetCDF sólo hace falta este comando (con usuario root):

<pre>
apt-get install cdo nco libnetcdf-dev netcdf-bin
</pre>

= CDO =

Los [https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/ Climate Data Operators] son unas herramientas muy útiles y versatiles.
Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros.
Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo.

Algunos comandos como para empezar:
Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos)
> ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO
> cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO

Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO:
Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida"

Recortar latitud y longitud
> cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc

Recortar tiempo
> cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc

Recortar variable
> cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

PAra unir o separar archivos, variables, tiempos…
> cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc
> cdo cut

Estadística básica por día, hora, mes, estación, año…
> cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc
> cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc

Sumar y restar archivos o un valor constante
> cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc
> cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc

O multiplicar, divdir, …
> cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc

Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1.

> cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile

> cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP

> cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

= CDO =
Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos:

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf

= NCO =
Manuales de NCO

http://nco.sourceforge.net/nco.html

http://nco.sourceforge.net/nco.pdf

CDO/NCOs

2019-06-13T15:49:59Z

Elio.campitelli: /* Instalación */

= Instalación =

Para instalar CDO y las librerías para trabajar con archivos NetCDF sólo hace falta este comando (con usuario root):

<pre>
apt-get install cdo libnetcdf-dev netcdf-bin
</pre>

= CDO =

Los [https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/ Climate Data Operators] son unas herramientas muy útiles y versatiles.
Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros.
Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo.

Algunos comandos como para empezar:
Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos)
> ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO
> cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO

Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO:
Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida"

Recortar latitud y longitud
> cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc

Recortar tiempo
> cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc

Recortar variable
> cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

PAra unir o separar archivos, variables, tiempos…
> cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc
> cdo cut

Estadística básica por día, hora, mes, estación, año…
> cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc
> cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc

Sumar y restar archivos o un valor constante
> cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc
> cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc

O multiplicar, divdir, …
> cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc

Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1.

> cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile

> cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP

> cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

= CDO =
Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos:

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf

= NCO =
Manuales de NCO

http://nco.sourceforge.net/nco.html

http://nco.sourceforge.net/nco.pdf

CDO/NCOs

2019-06-13T15:46:14Z

Elio.campitelli: /* CDO = */

= Instalación =

Para instalar, sólo hace falta este comando (con usuario root):

<pre>
apt-get install cdo
</pre>

= CDO =

Los [https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/ Climate Data Operators] son unas herramientas muy útiles y versatiles.
Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros.
Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo.

Algunos comandos como para empezar:
Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos)
> ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO
> cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO

Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO:
Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida"

Recortar latitud y longitud
> cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc

Recortar tiempo
> cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc

Recortar variable
> cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

PAra unir o separar archivos, variables, tiempos…
> cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc
> cdo cut

Estadística básica por día, hora, mes, estación, año…
> cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc
> cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc

Sumar y restar archivos o un valor constante
> cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc
> cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc

O multiplicar, divdir, …
> cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc

Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1.

> cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile

> cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP

> cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

= CDO =
Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos:

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf

= NCO =
Manuales de NCO

http://nco.sourceforge.net/nco.html

http://nco.sourceforge.net/nco.pdf

CDO/NCOs

2019-06-13T15:45:27Z

Elio.campitelli: /* Instalación */

= Instalación =

Para instalar, sólo hace falta este comando (con usuario root):

<pre>
apt-get install cdo
</pre>

= CDO ==

Los [https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/ Climate Data Operators] son unas herramientas muy útiles y versatiles.
Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros.
Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo.

Algunos comandos como para empezar:
Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos)
> ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO
> cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO

Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO:
Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida"

Recortar latitud y longitud
> cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc

Recortar tiempo
> cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc

Recortar variable
> cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

PAra unir o separar archivos, variables, tiempos…
> cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc
> cdo cut

Estadística básica por día, hora, mes, estación, año…
> cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc
> cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc

Sumar y restar archivos o un valor constante
> cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc
> cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc

O multiplicar, divdir, …
> cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc

Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1.

> cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile

> cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP

> cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

= CDO =
Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos:

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf

= NCO =
Manuales de NCO

http://nco.sourceforge.net/nco.html

http://nco.sourceforge.net/nco.pdf

CDO/NCOs

2019-06-13T15:45:03Z

Elio.campitelli:

= Instalación =

Para instalar, sólo hace falta este comando (con usuario root):

<pre>
apt-get install cdo
</pred>

= CDO ==

Los [https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/ Climate Data Operators] son unas herramientas muy útiles y versatiles.
Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros.
Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo.

Algunos comandos como para empezar:
Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos)
> ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO
> cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO

Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO:
Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida"

Recortar latitud y longitud
> cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc

Recortar tiempo
> cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc

Recortar variable
> cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

PAra unir o separar archivos, variables, tiempos…
> cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc
> cdo cut

Estadística básica por día, hora, mes, estación, año…
> cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc
> cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc

Sumar y restar archivos o un valor constante
> cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc
> cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc

O multiplicar, divdir, …
> cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc

Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1.

> cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile

> cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP

> cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc

= CDO =
Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos:

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf

= NCO =
Manuales de NCO

http://nco.sourceforge.net/nco.html

http://nco.sourceforge.net/nco.pdf

R

2019-06-11T21:34:50Z

Elio.campitelli:

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver hkp://keys.gnupg.net:80 --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
cd ~/Downloads
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Es muy probable que haya dependencias que faltan. Usá este comando para arreglar todo:

<pre>
apt install -f
</pre>

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

=== Materiales para el taller ===

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/zhwj5h7qs15c5fk/presentacion_R.pdf?dl=1 aquí.]

R

2019-06-11T21:18:14Z

Elio.campitelli: /* Instrucciones para instalar R */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver hkp://keys.gnupg.net:80 --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
cd ~/Downloads
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Es muy probable que haya dependencias que faltan. Usá este comando para arreglar todo:

<pre>
apt install -f
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/zhwj5h7qs15c5fk/presentacion_R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-10T13:11:14Z

Elio.campitelli: /* Materiales para el taller */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
cd ~/Downloads
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Es muy probable que haya dependencias que faltan. Usá este comando para arreglar todo:

<pre>
apt install -f
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/zhwj5h7qs15c5fk/presentacion_R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-09T21:45:31Z

Elio.campitelli: /* Instrucciones para instalar RStudio */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
cd ~/Downloads
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Es muy probable que haya dependencias que faltan. Usá este comando para arreglar todo:

<pre>
apt install -f
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-09T21:43:38Z

Elio.campitelli: /* Instrucciones para instalar RStudio */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
cd ~/Downloads
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-09T21:42:06Z

Elio.campitelli: /* Instrucciones para instalar RStudio */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
cd ~/Downloads
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-09T21:40:40Z

Elio.campitelli: /* Instrucciones para instalar R */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-09T21:22:44Z

Elio.campitelli: /* Instrucciones para instalar R */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes.

<pre>
su
</pre>

Va a pedirte tu contraseña de administrador. Ponela (no se va a mostrar nada) y dale enter. Luego usá este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
apt install dirmngr
apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
apt install r-base r-devel
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-08T19:09:51Z

Elio.campitelli:

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes con este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
sudo apt install dirmngr
sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
sudo apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
sudo apt install r-base r-devel
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-08T19:04:59Z

Elio.campitelli: /* Materiales para el taller */

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes con este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
sudo apt install dirmngr
sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
sudo apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
sudo apt install r-base r-devel
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=1 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=1 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-08T18:58:36Z

Elio.campitelli:

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes con este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
sudo apt install dirmngr
sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
sudo apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
sudo apt install r-base r-devel
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=0 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=0 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.

R

2019-06-08T18:58:01Z

Elio.campitelli:

[https://www.r-project.org/ R] es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis estadístico. Es un software libre utilizado ampliamente en la comunidad científica, principalmente para análisis estadísticos y visualización.

R es un lenguaje Orientado, es decir, las variables, datos, funciones, resultados, etc., se guardan en la memoria de la computadora en forma de objetos
con un nombre específico. El usuario puede modificar o manipular estos objetos con operadores (aritméticos, lógicos, y comparativos) y funciones (que a su vez son objetos).

A las funcionalidades base de R se suman las librerías o paquetes específicos que amplían el uso del lenguaje. Actualmente en CRAN (el repositorio oficial de R) hay 12576 paquetes disponibles.

R puede usarse desde la terminal pero también existe [https://www.rstudio.com/ RStudio], una interfaz gŕafica (IDE) que permite utilizar R de manera fácil y rápida.

Para la introducción a R de la Linux ParTUXza nesecitarás R y RStudio instalados.

=== Instrucciones para instalar R ===

Las instrucciones oficiales para instalar R las podés encontrar para Ubuntu [https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html acá] y para Debian [https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ acá].

Si tenés Debian Stretch (el que instalamos en la parTUXza), tenés que agregar el repositorio correspondiente en tus fuentes con este comando:

<pre>
echo deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian stretch-cran35/ | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
</pre>

Luego desde la terminal ejecutá lo siguiente:

<pre>
sudo apt install dirmngr
sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
</pre>

Actualizá el repositorio:
<pre>
sudo apt update
</pre>

Y ahora si, instalá R:

<pre>
sudo apt install r-base r-devel
</pre>

=== Instrucciones para instalar RStudio ===

Para instalar RStudio primero hay que bajar el archivo .deb de [https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ la página de RStudio] para tu distribución. Si tenés Debian Stretch, se puede hacer desde la terminal directamente:

<pre>
wget https://download1.rstudio.org/desktop/debian9/x86_64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

Y ahora, a instalar:

<pre>
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
</pre>

=== Materiales para el taller ===

Podés descargar la presentación del taller en pdf desde [https://www.dropbox.com/s/uxkeviob84m5igd/INTRODUCCI%C3%93N%20A%20R.pdf?dl=0 aquí.]

Para los ejemplos prácticos necesitarás el código y el archivo de datos que se encuentran [https://www.dropbox.com/s/c5fp7q9kuhicpq0/script_datos.zip?dl=0 acá.] Descomprimilos y guardalos en alguna carpeta juntos.

=== Preparación previa ===

Para seguir el taller sin problemas vas a necesitar algunos paquetes ya instalados. Abrí RStudio y usá este comando en la consola (el lugar que está abajo a la izquierda):

<pre>
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "maps"))
</pre>

Esperá un poco y listo.