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papa-deimos/instalacion/RKernelIns

Lluis.fita — Wed, 19 Aug 2026 03:44:59 GMT

Instalando paquetes

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Línea 14:		Línea 14:

	En una sesión de jupyter, arriba a la derecha en '' 'new' '' aparece <code>'R'</code>.		En una sesión de jupyter, arriba a la derecha en '' 'new' '' aparece <code>'R'</code>.

			== Instalación desde un entorno de mamba ==
			<PRE style="shell">
			# cd /opt/conda/mamba/
			# mkdir Rnew
			# cd Rnew
			# /opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/bin/mamba create -n Rnew -c conda-forge r-base
			# eval "$(/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/bin/mamba shell hook --shell bash)"
			# mamba activate Rnew
			(Rnew) # which R
			/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/envs/Rnew/bin/R
			</PRE>

			Instalando los paquetes para poder activarlo desde jupyterHUB
			<PRE style="shell">
			(Rnew) # R
			> install.packages("IRKernel")
			> system.file('kernelspec', package = 'IRkernel')
			[1] "/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/envs/Rnew/lib/R/library/IRkernel/kernelspec"
			> quit()
			</PRE>

			Instalando kernel en jupyter
			<PRE style="shell">
			(Rnew) # mamba deactivate
			# /opt/tljh/user/bin/jupyter kernelspec list
			Available kernels:
			bash /opt/tljh/user/share/jupyter/kernels/bash
			python3 /opt/tljh/user/share/jupyter/kernels/python3
			ir /usr/local/share/jupyter/kernels/ir
			py3_andex /usr/local/share/jupyter/kernels/py3_andex
			python_atrackcs /usr/local/share/jupyter/kernels/python_atrackcs
			python_digearth-hack /usr/local/share/jupyter/kernels/python_digearth-hack
			python_esmvaltools /usr/local/share/jupyter/kernels/python_esmvaltools
			# /opt/tljh/user/bin/jupyter kernelspec install "/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/envs/Rnew/lib/R/library/IRkernel/kernelspec" --name 'ir_new'
			# /opt/tljh/user/bin/jupyter kernelspec listAvailable kernels:
			bash /opt/tljh/user/share/jupyter/kernels/bash
			python3 /opt/tljh/user/share/jupyter/kernels/python3
			ir /usr/local/share/jupyter/kernels/ir
			ir_new /usr/local/share/jupyter/kernels/ir_new
			py3_andex /usr/local/share/jupyter/kernels/py3_andex
			python_atrackcs /usr/local/share/jupyter/kernels/python_atrackcs
			python_digearth-hack /usr/local/share/jupyter/kernels/python_digearth-hack
			python_esmvaltools /usr/local/share/jupyter/kernels/python_esmvaltools
			# vim /usr/local/share/jupyter/kernels/ir_new/kernel.json
			{"argv": ["R", "--slave", "-e", "IRkernel::main()", "--args", "{connection_file}"],
			"display_name":"R (new)",
			"env": {
			"MAMBA_PREFIX":"/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/envs/Rnew",
			"MAMBA_DEFAULT_ENV":"Rnew",
			"PATH":"/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/envs/Rnew/bin:/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin"
			},
			"language":"R"
			}

			</PRE>

			=== Instalando paquetes ===
			Instalando paquetes ('''NOTA:''' la versión de R se ha ido degradando: 4.6.0, 4.5.3, 4.4.3)
			<PRE style="shell">
			# mamba activate Rnew
			(Rnew) # mamba install -c conda-forge r-abind r-akima r-corrplot r-cowplot
			(Rnew) # mamba install -c conda-forge r-egg r-evd r-extRemes r-factoextra r-fields r-fitdistrplus r-ggmap r-ggrepel r-ggsn r-ggspatial r-ggthemes r-jpeg
			(Rnew) # mamba install -c conda-forge r-Kendall r-lubridate r-mapdata r-metR r-ncdf4 r-nortest r-openxlsx
			(Rnew) # mamba install -c conda-forge r-padr r-patchwork r-ppcor r-pracma r-RcolorBrewer r-reshape2 r-rgeos
			(Rnew) # mamba install -c conda-forge r-rnaturalearth r-rnaturalearthdata r-scales r-sp
			(Rnew) # mamba install -c conda-forge r-terra r-tidyr r-trend r-WaveletComp r-zoo r-zyp
			</PRE>

papa-deimos/instalacion/ForKernelIns

Lluis.fita — Tue, 28 Jul 2026 05:04:35 GMT

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(No se muestra una edición intermedia del mismo usuario)
Línea 1:		Línea 1:
	= Instalación kernel de Fortran =		= Instalación kernel de Fortran =

			<PRE style="shell">
			# cd /opt/conda/mamba
			# mkdir LFortran
			# cat lfor_pkgs.yaml
			name: lfor
			channels:
			- conda-forge
			dependencies:
			- lfortran
			</PRE>

			Creando e instalando el entorno
			<PRE style="shell">
			# /opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/bin/mamba create -n -lfor -f lfor_pkgs.yaml
			# eval "$(/opt/conda/mamba/DE-global_hackathon/miniconda3/bin/mamba shell hook --shell bash)"
			# mamba activate lfor
			(lfor)# mamba install nlohmann_json
			</PRE>

			Se debería de poder compilar el kernel y proceder con su activación, pero no funciona. Parece un problema con xeus puesto que se tiene <CODE>xeus=6.0.5</CODE> cuando debería de ser <CODE>xeus=6.0.0</CODE>

			<PRE style="shell">
			# cmake \
			-DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug \
			-DWITH_LLVM=yes \
			-DWITH_XEUS=yes \
			-DCMAKE_PREFIX_PATH="$CONDA_PREFIX" \
			-DCMAKE_INSTALL_PREFIX="$CONDA_PREFIX" \
			.
			CMake Error: The source directory "/opt/conda/mamba/LFortran" does not appear to contain CMakeLists.txt.
			Specify --help for usage, or press the help button on the CMake GUI.
			</PRE>

papa-deimos/instalacion/ForKernelIns

Lluis.fita — Tue, 28 Jul 2026 01:11:33 GMT

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= Instalación kernel de Fortran =

papa-deimos/instalacion

Lluis.fita — Tue, 28 Jul 2026 01:10:44 GMT

Kernels

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Línea 193:		Línea 193:

	</pre>		</pre>

			=== Instalando un kernel de Fortran ===
			Instalando [https://fortran-lang.org/ Fortran] en deimos siguiendo las instrucciones en esta página [[papa-deimos/instalacion/ForKernelIns]].

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