Gvieytes en 14:04 22 ene 2019

2019-01-22T14:04:39Z

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	En algunos casos para que el make check funcione es necesario exportar la variable de entorno del proxy		En algunos casos para que el make check funcione es necesario exportar la variable de entorno del proxy

	<pre>export http_proxy=http://~~proxy~~.fcen.uba.ar:~~8080~~/</pre>		<pre>export http_proxy=http://proxy1.cima.fcen.uba.ar:3128/</pre>

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Gvieytes: Página creada con «==Instalación de Netcdf con compiladores Intel== '''IMPORTANTE''' ''A partir de las versión 4.2 de netcdf. esta separado el instalador para C, C++ y Fortran. Siempre ins...»

2019-01-22T14:03:41Z

Página creada con «==Instalación de Netcdf con compiladores Intel== '''IMPORTANTE''' ''A partir de las versión 4.2 de netcdf. esta separado el instalador para C, C++ y Fortran. Siempre ins...»

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==Instalación de Netcdf con compiladores Intel==
'''IMPORTANTE'''

''A partir de las versión 4.2 de netcdf. esta separado el instalador para C, C++ y Fortran. Siempre instalar primero la versión para C.
Averiguar más o usar la versión 3.6.3 (en hydra está la 4.1.3 y creo que va bien)''

Para instalar netcdf, primero hay que instalar
* [[zlib]]
* [[hdf5]]

<pre> http://software.intel.com/en-us/articles/performance-tools-for-software-developers-building-netcdf-with-the-intel-compilers/ </pre>

Luego descargar la última versión del netcdf para C, Fortran y C++ desde:

<pre> http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/index.jsp </pre>

Instalar primero la versión del netcdf para C y repetir los siguientes pasos para Fortran y C++

Crear las variables de entorno para compilar netcdf

Intel nuevo (>=10.x)

<pre>
unset CC CXX F77 FC F90 CPP CXXCPP CFLAGS CXXFLAGS FFLAGS
export CC=icc
export CXX=icpc
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export F77=ifort
export FC=ifort
export F90=ifort
export FFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export CPP='icc -E'
export CXXCPP='icpc -E'
</pre>

Para incluir el HDF5 y el ZLIB (habiendo instalado previamente el ZLIB en directorio por default y el HDF5 en /usr/local/)

<pre>
export CPPFLAGS="-I/usr/local/hdf5/include -I=/usr/local/include"
export LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib"
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}/usr/local/lib
</pre>
Comenzamos con la instalacion:
<pre>
./configure --prefix=/usr/local/netcdf-4.4.1.1
make
make check
make install
</pre>

'''netcdf-fortran'''

Al momento de instalar el netcdf-fortran es necesario agregar a la variable de entorno LD_LIBRARY_PATH algunos datos ya que al momento de realizar el configure aparece este error:

<pre>

conftest: error while loading shared libraries: libnetcdf.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory

</pre>

Verificar que datos se encuentran en dicha variable y si hace falta agregar de la siguiente forma:

<pre>
[root@nautilus netcdf-fortran-4.2]# env | grep LD
LDFLAGS=-L/usr/local/hdf5/lib
OLDPWD=/root
MIC_LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mpirt/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/tbb/lib/mic
LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mpirt/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/ipp/../compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/ipp/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/tbb/lib/intel64/gcc4.4

[root@nautilus netcdf-fortran-4.2]# export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

LDFLAGS=-L/usr/local/hdf5/lib
OLDPWD=/root
MIC_LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mpirt/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/mic:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/tbb/lib/mic
LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mpirt/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/ipp/../compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/ipp/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/tbb/lib/intel64/gcc4.4

</pre>

Se puede apreciar que /usr/local/lib se encuentra agregado.
Para que este cambio se mantenga en forma permanente es necesario agregar lo sgte. al /etc/profile

<pre>
## Agregado para que los compiladores utilicen dicho path tambien 20140515
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}/usr/local/lib
export LD_LIBRARY_PATH
###
</pre>

Para visualizar las necesidades sobre los path de las librerías al momento de instalar netcdf-fortran se puede acceder a:

<pre>
http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/netcdf-fortran-install.html
</pre>

Librerias dinamicas (recomendadas):

<pre>
export CFLAGS='-O3 -xSSSE3 -ip -no-prec-div'
export CXXFLAGS='-O3 -xSSSE3 -ip -no-prec-div'
export FFLAGS='-O3 -xSSSE3 -ip -no-prec-div'
</pre>

Librerias estaticas (no recomendadas):

<pre>
export CFLAGS='-O3 -xSSSE3 -ip -no-prec-div -static'
export CXXFLAGS='-O3 -xSSSE3 -ip -no-prec-div -static'
export FFLAGS='-O3 -xSSSE3 -ip -no-prec-div -static'
</pre>

Intel viejo (<10.x)

<pre>
export CC=icc
export CXX=icpc
export CFLAGS='-O3 -xT -ip -no-prec-div -static'
export CXXFLAGS='-O3 -xT -ip -no-prec-div -static'
export F77=ifort
export FC=ifort
export F90=ifort
export FFLAGS='-O3 -xT -ip -no-prec-div -static'
export CPP='icc -E'
export CXXCPP='icpc -E'
</pre>

Portland Completo

<pre>
export CC=pgcc
export CFLAGS="-O2 -Msignextend -V"
export FC=pgfortran
export F90=pgfortran
export F77=pgfortran
export FFLAGS="-O2 -w -V"
export CXX=pgcpp
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran"
</pre>

Portland simple sin C++

<pre>
export CC=gcc
export FC=pgf90
export FFLAGS="-O2"
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE"
</pre>

En algunos casos para que el make check funcione es necesario exportar la variable de entorno del proxy

<pre>export http_proxy=http://proxy.fcen.uba.ar:8080/</pre>

Compilar e instalar

<pre>
./configure
make
make check
make install
</pre>

<pre>

+-------------------------------------------------------------+
| Congratulations! You have successfully installed the netCDF |
| Fortran libraries. |
| |
| You can use script "nf-config" to find out the relevant |
| compiler options to build your application. Enter |
| |
| nf-config --help |
| |
| for additional information. |
| |
| CAUTION: |
| |
| If you have not already run "make check", then we strongly |
| recommend you do so. It does not take very long. |
| |
| Before using netCDF to store important data, test your |
| build with "make check". |
| |
| NetCDF is tested nightly on many platforms at Unidata |
| but your platform is probably different in some ways. |
| |
| If any tests fail, please see the netCDF web site: |
| http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/ |
| |
| NetCDF is developed and maintained at the Unidata Program |
| Center. Unidata provides a broad array of data and software |
| tools for use in geoscience education and research. |
| http://www.unidata.ucar.edu |
+-------------------------------------------------------------+

</pre>

<pre>

+-------------------------------------------------------------+
| Congratulations! You have successfully installed the netCDF |
| C++ Libaray |
| |
| CAUTION: |
| |
| If you have not already run "make check", then we strongly |
| recommend you do so. It does not take very long. |
| |
| Before using netCDF to store important data, test your |
| build with "make check". |
| |
| NetCDF is tested nightly on many platforms at Unidata |
| but your platform is probably different in some ways. |
| |
| If any tests fail, please see the netCDF web site: |
| http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/ |
| |
| NetCDF is developed and maintained at the Unidata Program |
| Center. Unidata provides a broad array of data and software |
| tools for use in geoscience education and research. |
| http://www.unidata.ucar.edu |
+-------------------------------------------------------------+

</pre>

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Gvieytes en 14:04 22 ene 2019

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