Diferencia entre revisiones de «CDO/NCOs»
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= CDO = | = Instalación = | ||
Para instalar CDO, NCO y las librerías para trabajar con archivos NetCDF sólo hace falta este comando (con usuario root): | |||
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apt-get install cdo nco libnetcdf-dev netcdf-bin | |||
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= CDO = | |||
Los [https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/ Climate Data Operators] son unas herramientas muy útiles y versatiles. | |||
Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros. | |||
Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo. | |||
Algunos comandos como para empezar: | |||
Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos) | |||
> ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO | |||
> cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO | |||
Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO: | |||
Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida" | |||
Recortar latitud y longitud | |||
> cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc | |||
Recortar tiempo | |||
> cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc | |||
Recortar variable | |||
> cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc | |||
PAra unir o separar archivos, variables, tiempos… | |||
> cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc | |||
> cdo cut | |||
Estadística básica por día, hora, mes, estación, año… | |||
> cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc | |||
> cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc | |||
Sumar y restar archivos o un valor constante | |||
> cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc | |||
> cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc | |||
O multiplicar, divdir, … | |||
> cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc | |||
Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1. | |||
> cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile | |||
> cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc | |||
Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP | |||
> cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc | |||
= CDO = | |||
Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos: | |||
https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf | |||
https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf | |||
= NCO = | = NCO = | ||
Manuales de NCO | |||
http://nco.sourceforge.net/nco.html | |||
http://nco.sourceforge.net/nco.pdf | |||
Revisión actual - 15:51 13 jun 2019
Instalación
Para instalar CDO, NCO y las librerías para trabajar con archivos NetCDF sólo hace falta este comando (con usuario root):
apt-get install cdo nco libnetcdf-dev netcdf-bin
CDO
Los Climate Data Operators son unas herramientas muy útiles y versatiles. Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros. Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo.
Algunos comandos como para empezar: Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos)
> ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO > cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO
Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO: Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida"
Recortar latitud y longitud
> cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc
Recortar tiempo
> cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc
Recortar variable
> cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc
PAra unir o separar archivos, variables, tiempos…
> cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc > cdo cut
Estadística básica por día, hora, mes, estación, año…
> cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc > cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc
Sumar y restar archivos o un valor constante
> cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc > cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc
O multiplicar, divdir, …
> cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc
Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1.
> cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile
> cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc
Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP
> cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc
CDO
Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos:
https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf
https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf
NCO
Manuales de NCO