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Diferencia entre revisiones de «RegIPSL»

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Lluis.fita (discusión | contribs.)
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En esta página se cuenta la instalación y uso en el clúster del CIMA llamado <code>hdyra</code>
En esta página se cuenta la instalación y uso en el clúster del CIMA llamado <code>hdyra</code>


== Instalación ==
== Instalación librerías ==
Se agradece a Romain Pennel (École Polytechinque, IPP, LMD-IPSL, Francia) en la configuración de la instalación.


Primero se tiene que compilar una series de librerías, por ejemplo las librerías hdf5-netcdf en paralelo. Dicho proceso está contado acá [[RegIPSL/CompHDF_NC]].
Se va a utilizar el gestor de librerías científicas llamado [[https://spack.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html spack]]


== Uso ==
En el directorio de trabajo <code>$WORKDIR=/share/liberias/</code>
El modelo se usa mediante el work-flow libIGCM.
 
Descarga del gestor:
<pre style="shell">
cd $WORKDIR
git clone --depth=2 https://github.com/spack/spack.git
</pre>
 
Activación del entorno y búqueda de un compilador
<pre stle="shell">
cd spack
source share/spack/setup-env.sh
spack compiler find
```
==> Added 2 new compilers to /home/lluis.fita/.spack/packages.yaml
    gcc@12.2.0  gcc@10.2.1
==> Compilers are defined in the following files:
    /home/lluis.fita/.spack/packages.yaml
```
</pre>
 
Configuración de spack
 
Nombre y ruta librerías
<pre style="shell">
vim ~/.spack/concretizer.yaml
</pre>
 
Compilación con especificación de tipo de cpu:
<pre style="shell">
vim ~/.spack/concretizer.yaml
</pre>
 
Creación del entorno
<pre style="shell">
spack env create gcc12_openmpi4
spack env activate gcc12_openmpi4
spack env status
vim spack/var/spack/environments/gcc12_openmpi4/spack.yaml
</pre>
 
Instalación y compilación (<code>concretize</code> se asegura la compatibilidad)
<pre style="shell">
spack concretize
spack install
</pre>
 
Activación entorno compilación:
<pre style="shell">
source ${WORKDIR}/load_gnu-12.2.0_openmpi-4.1.8.sh
</pre>
 
== Preparación compilación RegIPSL en hydra ==
Hace falta definir los archivos de la configuración de la compilación para cada modelo: WRF, ORCHIDEE y NEMO. Y las librerías / útiles asociados: XIOS, OASIS e IOIPSL.
 
Descarga del código en el directorio común del modelo <code>$REGIPSLDIR=/share/RegIPSL</code>
 
<pre style="shell">
cd $REGIPSLDIR
git clone https://gitlab.in2p3.fr/ipsl/lmd/intro/regipsl/regipsl.git
</pre>
 
Los archivos de compilación para hydra con el entorno <code>create gcc12_openmpi4</code> son:
<pre>
./RegIPSL/modeles/WRF/hydra.wrf
./RegIPSL/modeles/ORCHIDEE_2_2/arch/arch-gnu_HYDRA.fcm
./RegIPSL/modeles/ORCHIDEE_2_2/arch/arch-gnu_HYDRA.path
./RegIPSL/modeles/XIOS/arch/arch-gnu_HYDRA.fcm
./RegIPSL/modeles/XIOS/arch/arch-gnu_HYDRA.env
./RegIPSL/modeles/XIOS/arch/arch-gnu_HYDRA.path
./RegIPSL/modeles/IOIPSL/arch/arch-gnu_HYDRA.fcm
./RegIPSL/modeles/IOIPSL/arch/arch-gnu_HYDRA.path
./RegIPSL/modeles/oasis3-mct/util/make_dir/make_gnu_HYDRA
</pre>
 
La compilación se gestiona desde:
<pre>
/RegIPSL/modeles/ARCH/hydra_gnu.def
</pre>
 
Para compilar WRF y ORCHDIEE:
<pre style="shell">
cd ${REGIPSLDIR}/RegIPSL/modeles
./makeregipsl hydra_gnu.def -wrf -orch 2 >& /run_make.log
</pre>
 
Se debería de obtener:
<pre style="shell">
ls ${REGIPSLDIR}/RegIPSL/bin/
lucia  lucia.exe  orchideedriver_2  orchideeoasis_2  orchidee_ol_2  real.exe  wrf.exe  xios_server.exe
</pre>
 
El uso se realiza a través de las librerías libIGCM.
 
La configuración (entradas con <code>#-Q- hydra</code>) para <code>hydra</code> se encuentra en:
<pre>
${REGIPSLDIR}/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_hydra.ksh
</pre>
 
== k-test ==
Forzantes para una simulación test se pueden obtener del siguiente directorio
<pre>
/share/DATA/RegIPSL_TEST_CASE
</pre>
 
== test NEMO América del Sur ==
Tareas pendientes:
* Actualizar NEMO (3.6 -> 5.x) de RegIPSL
* Creación dominio de simulación (Atlántico Sur a 1/12º)
* Descarga forzantes laterales para el océano

Revisión actual - 18:07 22 may 2026

RegIPSL

Es la plataforma de modelado terrestre regional del Instituto Pierre Simon Laplace (IPSL) de Francia.

La página web del modelo es esta RegIPSL

En esta página se cuenta la instalación y uso en el clúster del CIMA llamado hdyra

Instalación librerías

Se agradece a Romain Pennel (École Polytechinque, IPP, LMD-IPSL, Francia) en la configuración de la instalación.

Se va a utilizar el gestor de librerías científicas llamado [spack]

En el directorio de trabajo $WORKDIR=/share/liberias/

Descarga del gestor: 

cd $WORKDIR
git clone --depth=2 https://github.com/spack/spack.git

Activación del entorno y búqueda de un compilador 

cd spack 
source share/spack/setup-env.sh
spack compiler find
```
==> Added 2 new compilers to /home/lluis.fita/.spack/packages.yaml
    gcc@12.2.0  gcc@10.2.1
==> Compilers are defined in the following files:
    /home/lluis.fita/.spack/packages.yaml
```

Configuración de spack

Nombre y ruta librerías 

vim ~/.spack/concretizer.yaml

Compilación con especificación de tipo de cpu: 

vim ~/.spack/concretizer.yaml

Creación del entorno 

spack env create gcc12_openmpi4
spack env activate gcc12_openmpi4
spack env status
vim spack/var/spack/environments/gcc12_openmpi4/spack.yaml

Instalación y compilación (concretize se asegura la compatibilidad) 

spack concretize
spack install

Activación entorno compilación: 

source ${WORKDIR}/load_gnu-12.2.0_openmpi-4.1.8.sh

Preparación compilación RegIPSL en hydra

Hace falta definir los archivos de la configuración de la compilación para cada modelo: WRF, ORCHIDEE y NEMO. Y las librerías / útiles asociados: XIOS, OASIS e IOIPSL.

Descarga del código en el directorio común del modelo $REGIPSLDIR=/share/RegIPSL 

cd $REGIPSLDIR
git clone https://gitlab.in2p3.fr/ipsl/lmd/intro/regipsl/regipsl.git

Los archivos de compilación para hydra con el entorno create gcc12_openmpi4 son: 

./RegIPSL/modeles/WRF/hydra.wrf
./RegIPSL/modeles/ORCHIDEE_2_2/arch/arch-gnu_HYDRA.fcm
./RegIPSL/modeles/ORCHIDEE_2_2/arch/arch-gnu_HYDRA.path
./RegIPSL/modeles/XIOS/arch/arch-gnu_HYDRA.fcm
./RegIPSL/modeles/XIOS/arch/arch-gnu_HYDRA.env
./RegIPSL/modeles/XIOS/arch/arch-gnu_HYDRA.path
./RegIPSL/modeles/IOIPSL/arch/arch-gnu_HYDRA.fcm
./RegIPSL/modeles/IOIPSL/arch/arch-gnu_HYDRA.path
./RegIPSL/modeles/oasis3-mct/util/make_dir/make_gnu_HYDRA

La compilación se gestiona desde: 

/RegIPSL/modeles/ARCH/hydra_gnu.def

Para compilar WRF y ORCHDIEE: 

cd ${REGIPSLDIR}/RegIPSL/modeles
./makeregipsl hydra_gnu.def -wrf -orch 2 >& /run_make.log

Se debería de obtener: 

ls ${REGIPSLDIR}/RegIPSL/bin/
lucia  lucia.exe  orchideedriver_2  orchideeoasis_2  orchidee_ol_2  real.exe  wrf.exe  xios_server.exe

El uso se realiza a través de las librerías libIGCM.

La configuración (entradas con #-Q- hydra) para hydra se encuentra en: 

${REGIPSLDIR}/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_hydra.ksh

k-test

Forzantes para una simulación test se pueden obtener del siguiente directorio 

/share/DATA/RegIPSL_TEST_CASE

test NEMO América del Sur

Tareas pendientes:

  • Actualizar NEMO (3.6 -> 5.x) de RegIPSL
  • Creación dominio de simulación (Atlántico Sur a 1/12º)
  • Descarga forzantes laterales para el océano
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