Revisión actual - 14:32 23 nov 2023

Compilación en paralelo de HDF5 y netCDF en hydra

Se siguen estas instrucciones de acá

Descargamos los códigos en el $INSWORKDIR (en este caso INSWORKDIR=/home/lluis.fita/installs):

Compilaremos con intel, así que cargamos el entorno correspondiente:

source /opt/load-libs.sh 1
export INSWORKDIR=/home/lluis.fita/installs
mkdir $INSWORKDIR

HDF5

Código del HDF5 obtenido de la página HDF5source (archivo $INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/hdf5-1.14.3.tar.gz)

cd $INSWORKDIR
mkdir hdf5
mkdir -p 1.14.3/intel/parallel
cd 1.14.3/intel/parallel
mkdir ins
cd hdf5-1.14.3
tar xvfz ../../hdf5-1.14.3.tar.gz

Compilamos el código en el directorio $HDF5 (estando en $INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/hdf5-1.14.3)

export HDF5=$INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/ins
CC=mpicc FC=mpif90 CFLAGS=-fPIC 
./configure --enable-shared --enable-parallel --enable-fortran --enable-fortran2003 --prefix=$HDF5 >& ./run_configure.log

Se verifica que la configuración de la instalación no haya dado problemas (mirar el archivo run_configure.log). Si no hay problemas, ya se pude compilar:

make >& run_make.log

Se verifica que la compilación no haya dado problemas (mirar el archivo run_make.log). Si no hay problemas, ya se pude instalar:

make install >& run_make-ins.log

Si no hubo problemas tendríamos que tener en $HDF5/bin (sólo cómo ejemplo):

cd $HDF5/bin
ls
h5clear   h5format_convert  h5pcc          h5repart
h5copy    h5fuse.sh         h5perf         h5stat
h5debug   h5import          h5perf_serial  h5tools_test_utils
h5delete  h5jam             h5pfc          h5unjam
h5diff    h5ls              h5redeploy     h5watch
h5dump    h5mkgrp           h5repack       ph5diff

NETCDF

Las librerías netCDF tienen 2 interfaces, una para c y otra para Fortran. Otra vez realizamos la instalación desde el directorio $INSWORKDIR.

netcdf-c

Se descarga directamente de la ultima versión del repositorio (Nov 22)

cd $INSWORKDIR
mkdir -p netcdf/intel/parallel
cd netcdf/intel/parallel
git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c.git
cd netcdf-c

Se instalarán las librerías en NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins

mkdir $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
export NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
export CC=mpicc 
export LDFLAGS=-L$HDF5/lib 
export LIBS=-lhdf5 
export CPPFLAGS=-I$HDF5/include
autoreconf -if
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HDF5/lib
./configure --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log

Se mira si la configuración de compilación fue bien (mirar contenido en run_configure.log) y se compila

make >& run_make.log

Se verifica que la compilación fuera bien (mirar contenido en run_configure.log) y se instalan las librerías

make install >& run_make_ins.log

Para verificar que todo salió bien miramos en $NETCDF/bin

cd $NETCDF/bin
ls
nc4print  nc-config  nccopy  ncdump  ncgen  ncgen3  ocprint

netcdf-Fortran

La interfaz Fortran de las librerías se compila una vez se compiló la interfaz para 'c'.

Agarramos el código.

wget https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/refs/tags/v4.6.1.tar.gz

Desde el directorio de instalación $INSWORKDIR, preparamos la configuración de la instalación. El contenido de $LIBS, sale de tomar la salida de $NETCDF/bin/nc-config --libs

cd $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/
tar xvfz ../../v4.6.1.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.6.1/
export CC=mpicc
export FC=mpif90
export LDFLAGS=-L$NETCDF/lib
export CPPFLAGS=-I$NETCDF/include
export LIBS=-lnetcdf
export LIBS='-L/home/lluis.fita/installs//netcdf/intel/parallel/ins/lib -L/home/lluis.fita/installs//hdf5/1.14.3/intel/parallel/ins/lib -lnetcdf 
  -lhdf5_hl -lm -lz -lsz -lxml2 -lcurl -lhdf5'
./configure  --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log

Se comprueba que no hubiera ningún error en el archivo run_configure.log.