Guía de usuario del SCAD del CIMA

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(→‎Librerías y modelos disponibles)
 
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Para ejecutar el modelo:
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==Librerías y modelos disponibles==
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Primero es conveniente limpiar todos los archivos temporales:
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Por defecto no se cargan variables de entorno para los compiladores.
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make clean
  
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make mpclean
  
   
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Luego compilar:
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===Elegir librerías a utilizar (Intel o GNU)===
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make mpp
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* Puedes listar las '''librerias''' disponibles y seleccionar la deseada ejecutando:
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<pre>source /opt/load-libs.sh</pre>
   
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Después editar el pbs que permite ejecutar el modelo
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* Tambien puedes cargar las librerías deseadas desde un script agregando:
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En el pbs tengo que elegir la cantidad de nodos y procesadores que quiero utilizar
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<pre>source /opt/load-libs.sh [N] <--- Siendo [N] el numero de opción de las librerías deseadas</pre>
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En este ejemplo estoy eligiendo 8 nodos de 1 procesador cada uno:
 
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#PBS -l nodes=8:ppn=1
 
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PROC_NO=8
  
   
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Otro ejemplo es elegir 3 nodos de dos procesadores cada uno:
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===Modelos pre compilados===
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#PBS -l nodes=3:ppn=2
  
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PROC_NO=6
  
   
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Además hay que elegir el nombre del archivo ejecutable:
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* Las librerías y modelos se encuentran instalados en:
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EXEC_NAME="mm5.mpp"
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/opt
   
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Por último, debemos indicar que cola se usará. Actualmente hay dos colas:
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* Dentro de cada directorio se encuentra la versión de la librería o modelo según el compilador utilizado. Por ejemplo:
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corta: para corridas de no más de 3hs.
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/opt/wrf/WRF-4.3.2/intel
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larga: Para corridas de mayor duración
  
   
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#PBS -q corta
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o
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/opt/wrf/WRF-4.3.2/gnu
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* Para listar las '''versions de WRF''' disponibles y obtener su ubicación puedes ejecutar
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<pre>wrf-path</pre>
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==Para ejecutar un trabajo:==
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*En el archivo pbs elijo la cantidad de nodos y procesadores que quiero utilizar. Ejemplo para 8 nodos de 1 procesador cada uno:
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<pre>#PBS -l nodes=8:ppn=1
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PROC_NO=8</pre>
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*Otro ejemplo es elegir 3 nodos de dos procesadores cada uno:
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<pre>#PBS -l nodes=3:ppn=2
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PROC_NO=6</pre>
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*Por último, debemos indicar que cola se usará. Actualmente hay sólo una cola (larga)
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#PBS -q larga
 
 
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Una vez que esta todo modificado ejecutamos:
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*Una vez que esta todo modificado ejecutamos:
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qsub pbs
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qsub corrida.pbs
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*Para visualizar lo que ejecutamos y el estado:
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qstat –n
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*Para matar el trabajo que enviamos:
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qdel <número de trabajo> (número de trabajo lo sabemos haciendo qstat –n)
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*Config de un archivo PBS típico
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<pre>
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## Job Name
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#PBS -N nombreJob
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## Novedades por mail
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#PBS -m abe
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#PBS -M <my.user>@cima.fcen.uba.ar
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## Joins standard and Error outputs in a single file
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#PBS -j oe
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## Queue
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#PBS -q larga
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## resources
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#PBS -l nodes=3:ppn=1
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</pre>
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== Scripts PBS ==
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Para facilitar las cosas y poder empezar a simular, se creó un repositorio GIT para las scripts necesarias para simular con WRF.
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Una vez conectados a hydra, sólo tienen que hacer:
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<pre>
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$ git clone https://git.cima.fcen.uba.ar/lluis.fita/hydra.git
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</pre>
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Ahí les preguntará por <code>usuarie / pwd </code> (el mismo que el del correo)
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Se creará un directorio llamado <code>hydra</code>. En él encontrarán todas las scripts necesarias para simular
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=== WRF ===
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Scripts para WRF en <code>'pbs/wrf/'</code>, contenido:
   
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Para visualizar lo que ejecutamos y el estado:
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* <code>launch_geogrid_intel.pbs</code>: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el <i>geogrid.exe</i> compilado con intel y crear los dominios
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qstat –n
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* <code>launch_metgrid_intel.pbs</code>: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el <i>metgrid.exe</i> compilado con intel
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* <code>launch_real_intel.pbs</code>: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el <i>metgrid.exe</i> compilado con intel
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* <code>launch_ungrib_intel.pbs</code>: para lanzar el <i>ungrib.exe</i> compilado con intel
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* <code>launch_wrf_gnu_dmpar.pbs</code>: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el <i>wrf.exe</i> compilado con gnu
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* <code>launch_wrf_intel_dmpar.pbs</code>: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el <i>metgrid.exe</i> compilado con intel
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* <code>launch_wrf_intel_dm+sm.pbs</code>: para lanzar en paralelo (híbridio MPICH y openMP) el <i>metgrid.exe</i> compilado con intel
   
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Para matar el trabajo que enviamos:
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Yo recomendaría que en un directorio a parte crearan un directorio en donde lanzar las simulaciones con todos los directorios necesarios de WRF y los ficheros necesarios (están todos en <code>/opt/wrf/[version_WRF]/[compilador]/[version_compilador]/[tipo_paralelizacion]/</code>). Para cada componente copiarle su script pbs necearia. Antes de lanzar, tendrán que introducir su dirección de correo para poder recibir un mensaje cuando la script haya terminado.
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qdel <número de trabajo> (número de trabajo lo sabemos haciendo qstat –n)
  

Última revisión de 17:27 22 feb 2024

Contenido

[editar] Librerías y modelos disponibles

Por defecto no se cargan variables de entorno para los compiladores.

[editar] Elegir librerías a utilizar (Intel o GNU)

  • Puedes listar las librerias disponibles y seleccionar la deseada ejecutando: 
source /opt/load-libs.sh
  • Tambien puedes cargar las librerías deseadas desde un script agregando: 
source /opt/load-libs.sh [N]   <--- Siendo [N] el numero de opción de las librerías deseadas

[editar] Modelos pre compilados

  • Las librerías y modelos se encuentran instalados en: 
/opt
  • Dentro de cada directorio se encuentra la versión de la librería o modelo según el compilador utilizado. Por ejemplo: 
/opt/wrf/WRF-4.3.2/intel

o 

/opt/wrf/WRF-4.3.2/gnu


  • Para listar las versions de WRF disponibles y obtener su ubicación puedes ejecutar 
wrf-path

[editar] Para ejecutar un trabajo:

  • En el archivo pbs elijo la cantidad de nodos y procesadores que quiero utilizar. Ejemplo para 8 nodos de 1 procesador cada uno: 
#PBS -l nodes=8:ppn=1 
PROC_NO=8
  • Otro ejemplo es elegir 3 nodos de dos procesadores cada uno: 
#PBS -l nodes=3:ppn=2
PROC_NO=6
  • Por último, debemos indicar que cola se usará. Actualmente hay sólo una cola (larga) 
#PBS -q larga
  • Una vez que esta todo modificado ejecutamos: 
qsub corrida.pbs
  • Para visualizar lo que ejecutamos y el estado: 
qstat –n
  • Para matar el trabajo que enviamos: 
qdel <número de trabajo> (número de trabajo lo sabemos haciendo qstat –n)
  • Config de un archivo PBS típico 
## Job Name
#PBS -N nombreJob

## Novedades por mail
#PBS -m abe
#PBS -M <my.user>@cima.fcen.uba.ar

## Joins standard and Error outputs in a single file
#PBS -j oe

## Queue
#PBS -q larga

## resources
#PBS -l nodes=3:ppn=1

[editar] Scripts PBS

Para facilitar las cosas y poder empezar a simular, se creó un repositorio GIT para las scripts necesarias para simular con WRF.

Una vez conectados a hydra, sólo tienen que hacer: 

 $ git clone https://git.cima.fcen.uba.ar/lluis.fita/hydra.git

Ahí les preguntará por usuarie / pwd (el mismo que el del correo)

Se creará un directorio llamado hydra. En él encontrarán todas las scripts necesarias para simular

[editar] WRF

Scripts para WRF en 'pbs/wrf/', contenido:

  • launch_geogrid_intel.pbs: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el geogrid.exe compilado con intel y crear los dominios
  • launch_metgrid_intel.pbs: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el metgrid.exe compilado con intel
  • launch_real_intel.pbs: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el metgrid.exe compilado con intel
  • launch_ungrib_intel.pbs: para lanzar el ungrib.exe compilado con intel
  • launch_wrf_gnu_dmpar.pbs: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el wrf.exe compilado con gnu
  • launch_wrf_intel_dmpar.pbs: para lanzar en paralelo (sólo MPICH) el metgrid.exe compilado con intel
  • launch_wrf_intel_dm+sm.pbs: para lanzar en paralelo (híbridio MPICH y openMP) el metgrid.exe compilado con intel

Yo recomendaría que en un directorio a parte crearan un directorio en donde lanzar las simulaciones con todos los directorios necesarios de WRF y los ficheros necesarios (están todos en /opt/wrf/[version_WRF]/[compilador]/[version_compilador]/[tipo_paralelizacion]/). Para cada componente copiarle su script pbs necearia. Antes de lanzar, tendrán que introducir su dirección de correo para poder recibir un mensaje cuando la script haya terminado.

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