Revisión de 12:24 22 nov 2023

Compilación en paralelo de HDF5 y netCDF en hydra

Se siguen estas instrucciones de acá

Descargamos los códigos en el $INSWORKDIR (en este caso INSWORKDIR=/home/lluis.fita/installs/<code>):

Compilaremos con intel, así que cargamos el entorno correspondiente:

$ source /opt/load-libs.sh 1

Código del HDF5 obtenido de la página HDF5source (archivo <code>$INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/hdf5-1.14.3.tar.gz)

$ cd $INSWORKDIR
$ mkdir hdf5
$ mkdir -p 1.14.3/intel/parallel
$ cd 1.14.3/intel/parallel
$ mkdir ins
$ cd hdf5-1.14.3
$ tar xvfz ../../hdf5-1.14.3.tar.gz

Compilamos el código en el directorio $HDF5 (estando en $INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/hdf5-1.14.3)

export HDF5=$INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/ins
CC=mpicc FC=mpif90 CFLAGS=-fPIC 
./configure --enable-shared --enable-parallel --enable-fortran --enable-fortran2003 --prefix=$HDF5 >& ./run_configure.log

Se verifica que la configuración de la instalación no haya dado problemas (mirar el archivo run_configure.log). Si no hay problemas, ya se pude compilar:

make >& run_make.log

Se verifica que la compilación no haya dado problemas (mirar el archivo run_make.log). Si no hay problemas, ya se pude instalar: make install >& run_make-ins.log </pre>

Si no hubo problemas tendríamos que tener en $HDF5/bin (sólo cómo ejemplo):

$ cd $HDF5/bin
$ ls
h5clear   h5format_convert  h5pcc          h5repart
h5copy    h5fuse.sh         h5perf         h5stat
h5debug   h5import          h5perf_serial  h5tools_test_utils
h5delete  h5jam             h5pfc          h5unjam
h5diff    h5ls              h5redeploy     h5watch
h5dump    h5mkgrp           h5repack       ph5diff

NETCDF

$ git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c.git
$ wget https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/refs/tags/v4.6.1.tar.gz