CDO/NCOs
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Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros. |
Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros. |
Revisión de 12:45 13 jun 2019
Instalación
Para instalar, sólo hace falta este comando (con usuario root):
apt-get install cdo </pred> = CDO == Los [https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/ Climate Data Operators] son unas herramientas muy útiles y versatiles. Una serie de comandos simples para manejar y analizar archivos climáticos con formato GRIB, netCDF, HDF, entre otros. Ventajas: trabaja desde la línea de comando, se pueden armar script en bash, python, utiliza poca memoria, suelen ser muy rápidos, y se pueden correr en paralelo. Algunos comandos como para empezar: Para ver el contenido de un archivo (variables, dimensiones, atributos) > ncdump -h archivo.nc --> es un comando de NCO > cdo showformat archivo.nc --> es el comando de CDO Una vez que conocemos el archivo y ya sabemos que quermos hacer con el podemos utilizar los comandos de NCO o CDO: Por ejemplo en CDO se usa cdo "comando" "argumento" "archivo de entrada" "archivo de salida" Recortar latitud y longitud > cdo sellonlatbox,lon1,lon2,lat2,lat2 Caso-IV.nc Caso-IV-BOX.nc Recortar tiempo > cdo selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010.nc Recortar variable > cdo selname,TEMP,SAL Caso-IV-2010.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc PAra unir o separar archivos, variables, tiempos… > cdo merge archivo1.nc archivo2.nc archivo1y2.nc > cdo cut Estadística básica por día, hora, mes, estación, año… > cdo yearmean archivo1.nc archivo-mean.nc > cdo yearstd archivo1.nc archivo-std.nc Sumar y restar archivos o un valor constante > cdo add archivo1.nc archivo2.nc archivo1+2.nc > cdo addc,15 archivo1.nc archivo1+15.nc O multiplicar, divdir, … > cdo mul archivo1.nc archivo2.nc archivo1x2.nc Y permite combinar operadores para minimizar tiempo, se ejecutan de derecha a izquierda y el archivo de salida del operador 2 es el archivo de entrada del operador 1. > cdo operador1 -operador2 inputfile(s) outputfile > cdo selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc Trabajar con en paralelo con varios procesadores Open MP > cdo -P 8 selname,TEMP,SAL -selyear,2010 Caso-IV.nc Caso-IV-2010-TEMPySAL.nc = CDO = Manuales de CDO y hoja de referencia con los comandos: https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo.pdf https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/embedded/cdo_refcard.pdf = NCO = Manuales de NCO http://nco.sourceforge.net/nco.html http://nco.sourceforge.net/nco.pdf