RegIPSL/CompHDF NC
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$ mkdir $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins |
$ mkdir $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins |
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− | export NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins |
+ | $ export NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins |
− | CC=mpicc LDFLAGS=-L$HDF5/lib LIBS=-lhdf5 CPPFLAGS=-I$HDF5/include |
+ | $ autoreconf -if |
− | ./configure --prefix=$NETCDF >& run_configure.log |
+ | $ CC=mpicc LDFLAGS=-L$HDF5/lib LIBS=-lhdf5 CPPFLAGS=-I$HDF5/include |
+ | $ ./configure --prefix=$NETCDF >& run_configure.log |
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=== netcdf-Fortran === |
=== netcdf-Fortran === |
Revisión de 15:41 22 nov 2023
Contenido |
Compilación en paralelo de HDF5 y netCDF en hydra
Se siguen estas instrucciones de acá
Descargamos los códigos en el $INSWORKDIR
(en este caso INSWORKDIR=/home/lluis.fita/installs/<code>):
Compilaremos con intel, así que cargamos el entorno correspondiente:
$ source /opt/load-libs.sh 1
HDF5
Código del HDF5 obtenido de la página HDF5source (archivo <code>$INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/hdf5-1.14.3.tar.gz)
$ cd $INSWORKDIR $ mkdir hdf5 $ mkdir -p 1.14.3/intel/parallel $ cd 1.14.3/intel/parallel $ mkdir ins $ cd hdf5-1.14.3 $ tar xvfz ../../hdf5-1.14.3.tar.gz
Compilamos el código en el directorio $HDF5
(estando en $INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/hdf5-1.14.3
)
export HDF5=$INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/ins CC=mpicc FC=mpif90 CFLAGS=-fPIC ./configure --enable-shared --enable-parallel --enable-fortran --enable-fortran2003 --prefix=$HDF5 >& ./run_configure.log
Se verifica que la configuración de la instalación no haya dado problemas (mirar el archivo run_configure.log
). Si no hay problemas, ya se pude compilar:
make >& run_make.log
Se verifica que la compilación no haya dado problemas (mirar el archivo run_make.log
). Si no hay problemas, ya se pude instalar:
make install >& run_make-ins.log
Si no hubo problemas tendríamos que tener en $HDF5/bin
(sólo cómo ejemplo):
$ cd $HDF5/bin $ ls h5clear h5format_convert h5pcc h5repart h5copy h5fuse.sh h5perf h5stat h5debug h5import h5perf_serial h5tools_test_utils h5delete h5jam h5pfc h5unjam h5diff h5ls h5redeploy h5watch h5dump h5mkgrp h5repack ph5diff
NETCDF
Las librerías netCDF tienen 2 interfaces, una para c y otra para Fortran. Otra vez realizamos la instalación desde el directorio $INSWORKDIR
.
netcdf-c
Se descarga directamente de la ultima versión del repositorio (Nov 22)
$ cd $INSWORKDIR $ mkdir -p netcdf/intel/parallel $ cd netcdf/intel/parallel $ git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c.git $ cd netcdf-c
Se instalarán las librerías en NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
$ mkdir $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins $ export NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins $ autoreconf -if $ CC=mpicc LDFLAGS=-L$HDF5/lib LIBS=-lhdf5 CPPFLAGS=-I$HDF5/include $ ./configure --prefix=$NETCDF >& run_configure.log
netcdf-Fortran
$ wget https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/refs/tags/v4.6.1.tar.gz