RegIPSL/CompHDF NC

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Compilaremos con intel, así que cargamos el entorno correspondiente:
  
Compilaremos con intel, así que cargamos el entorno correspondiente:
 
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$ source /opt/load-libs.sh 1
 +
source /opt/load-libs.sh 1
 
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$ cd $INSWORKDIR
 +
cd $INSWORKDIR
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$ mkdir hdf5
 +
mkdir hdf5
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$ mkdir -p 1.14.3/intel/parallel
 +
mkdir -p 1.14.3/intel/parallel
−
$ cd 1.14.3/intel/parallel
 +
cd 1.14.3/intel/parallel
−
$ mkdir ins
 +
mkdir ins
−
$ cd hdf5-1.14.3
 +
cd hdf5-1.14.3
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$ tar xvfz ../../hdf5-1.14.3.tar.gz
 +
tar xvfz ../../hdf5-1.14.3.tar.gz
 
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Si no hubo problemas tendríamos que tener en <code>$HDF5/bin</code> (sólo cómo ejemplo):
  
Si no hubo problemas tendríamos que tener en <code>$HDF5/bin</code> (sólo cómo ejemplo):
 
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$ cd $HDF5/bin
 +
cd $HDF5/bin
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$ ls
 +
ls
 
h5clear h5format_convert h5pcc h5repart
  
h5clear h5format_convert h5pcc h5repart
 
h5copy h5fuse.sh h5perf h5stat
  
h5copy h5fuse.sh h5perf h5stat
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$ cd $INSWORKDIR
 +
cd $INSWORKDIR
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$ mkdir -p netcdf/intel/parallel
 +
mkdir -p netcdf/intel/parallel
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$ cd netcdf/intel/parallel
 +
cd netcdf/intel/parallel
−
$ git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c.git
 +
git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c.git
−
$ cd netcdf-c
 +
cd netcdf-c
 
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Se instalarán las librerías en <code>NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins</code>
  
Se instalarán las librerías en <code>NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins</code>
 
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$ mkdir $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
 +
mkdir $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
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$ export NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
 +
export NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
−
$ export CC=mpicc
+
export CC=mpicc
−
$ export LDFLAGS=-L$HDF5/lib
+
export LDFLAGS=-L$HDF5/lib
−
$ export LIBS=-lhdf5
+
export LIBS=-lhdf5
−
$ export CPPFLAGS=-I$HDF5/include
 +
export CPPFLAGS=-I$HDF5/include
−
$ autoreconf -if
 +
autoreconf -if
−
$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HDF5/lib
 +
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HDF5/lib
−
$ ./configure --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log
 +
./configure --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log
 
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Se mira si la configuración de compilación fue bien (mirar contenido en <code>run_configure.log</code>) y se compila
 
Se mira si la configuración de compilación fue bien (mirar contenido en <code>run_configure.log</code>) y se compila
 
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−
$ make >& run_make.log
 +
make >& run_make.log
 
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Se verifica que la compilación fuera bien (mirar contenido en <code>run_configure.log</code>) y se instalan las librerías
  
Se verifica que la compilación fuera bien (mirar contenido en <code>run_configure.log</code>) y se instalan las librerías
 
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$ make install >& run_make_ins.log
 +
make install >& run_make_ins.log
 
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Para verificar que todo salió bien miramos en <code>$NETCDF/bin</code>
  
Para verificar que todo salió bien miramos en <code>$NETCDF/bin</code>
 
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$ cd $NETCDF/bin
 +
cd $NETCDF/bin
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$ ls
 +
ls
 
nc4print nc-config nccopy ncdump ncgen ncgen3 ocprint
  
nc4print nc-config nccopy ncdump ncgen ncgen3 ocprint
 
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Agarramos el código.
  
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$ wget https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/refs/tags/v4.6.1.tar.gz
 +
wget https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/refs/tags/v4.6.1.tar.gz
 
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$ cd $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/
 +
cd $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/
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$ tar xvfz ../../v4.6.1.tar.gz
 +
tar xvfz ../../v4.6.1.tar.gz
−
$ cd netcdf-fortran-4.6.1/
 +
cd netcdf-fortran-4.6.1/
−
$ export FC=mpif90
 +
export FC=mpif90
−
$ export LDFLAGS=-L$NETCDF/lib
 +
export LDFLAGS=-L$NETCDF/lib
−
$ export CPPFLAGS=-I$NETCDF/include
 +
export CPPFLAGS=-I$NETCDF/include
−
$ export LIBS=-lnetcdf
 +
export LIBS=-lnetcdf
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$ ./configure --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log
 +
./configure --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log
 
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Revisión de 09:46 23 nov 2023

Contenido

Compilación en paralelo de HDF5 y netCDF en hydra

Se siguen estas instrucciones de acá

Descargamos los códigos en el $INSWORKDIR (en este caso INSWORKDIR=/home/lluis.fita/installs/<code>):

Compilaremos con intel, así que cargamos el entorno correspondiente: 

source /opt/load-libs.sh 1

HDF5

Código del HDF5 obtenido de la página HDF5source (archivo <code>$INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/hdf5-1.14.3.tar.gz) 

cd $INSWORKDIR
mkdir hdf5
mkdir -p 1.14.3/intel/parallel
cd 1.14.3/intel/parallel
mkdir ins
cd hdf5-1.14.3
tar xvfz ../../hdf5-1.14.3.tar.gz

Compilamos el código en el directorio $HDF5 (estando en $INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/hdf5-1.14.3) 

export HDF5=$INSWORKDIR/hdf5/1.14.3/intel/parallel/ins
CC=mpicc FC=mpif90 CFLAGS=-fPIC 
./configure --enable-shared --enable-parallel --enable-fortran --enable-fortran2003 --prefix=$HDF5 >& ./run_configure.log

Se verifica que la configuración de la instalación no haya dado problemas (mirar el archivo run_configure.log). Si no hay problemas, ya se pude compilar: 

make >& run_make.log

Se verifica que la compilación no haya dado problemas (mirar el archivo run_make.log). Si no hay problemas, ya se pude instalar: 

make install >& run_make-ins.log

Si no hubo problemas tendríamos que tener en $HDF5/bin (sólo cómo ejemplo): 

cd $HDF5/bin
ls
h5clear   h5format_convert  h5pcc          h5repart
h5copy    h5fuse.sh         h5perf         h5stat
h5debug   h5import          h5perf_serial  h5tools_test_utils
h5delete  h5jam             h5pfc          h5unjam
h5diff    h5ls              h5redeploy     h5watch
h5dump    h5mkgrp           h5repack       ph5diff

NETCDF

Las librerías netCDF tienen 2 interfaces, una para c y otra para Fortran. Otra vez realizamos la instalación desde el directorio $INSWORKDIR.

netcdf-c

Se descarga directamente de la ultima versión del repositorio (Nov 22) 

cd $INSWORKDIR
mkdir -p netcdf/intel/parallel
cd netcdf/intel/parallel
git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c.git
cd netcdf-c

Se instalarán las librerías en NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins 

mkdir $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
export NETCDF=$INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/ins
export CC=mpicc 
export LDFLAGS=-L$HDF5/lib 
export LIBS=-lhdf5 
export CPPFLAGS=-I$HDF5/include
autoreconf -if
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HDF5/lib
./configure --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log

Se mira si la configuración de compilación fue bien (mirar contenido en run_configure.log) y se compila 

make >& run_make.log

Se verifica que la compilación fuera bien (mirar contenido en run_configure.log) y se instalan las librerías 

make install >& run_make_ins.log

Para verificar que todo salió bien miramos en $NETCDF/bin 

cd $NETCDF/bin
ls
nc4print  nc-config  nccopy  ncdump  ncgen  ncgen3  ocprint

netcdf-Fortran

La interfaz Fortran de las librerías se compila una vez se compiló la interfaz para 'c'.

Agarramos el código. 

wget https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/refs/tags/v4.6.1.tar.gz

Desde el directorio de instalación $INSWORKDIR, preparamos la configuración de la instalación 

cd $INSWORKDIR/netcdf/intel/parallel/
tar xvfz ../../v4.6.1.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.6.1/
export FC=mpif90
export LDFLAGS=-L$NETCDF/lib
export CPPFLAGS=-I$NETCDF/include
export LIBS=-lnetcdf
./configure  --prefix=$NETCDF --enable-parallel-tests >& run_configure.log

Se comprueba que no hubiera ningún error en el archivo run_configure.log.

Obtenido de «https://wiki.cima.fcen.uba.ar/mediawiki/index.php?title=RegIPSL/CompHDF_NC&oldid=2987»
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