Guía de usuario del SCAD del CIMA

Elegir librerías a utilizar (Intel o GNU)

Por defecto no se cargan variables de entorno para los compiladores.

• Puedes listar las librerías disponibles y seleccionar la deseada ejecutando:

source /opt/load-libs.sh

• Tambien puede cargar las librerías deseadas desde un script agregando:

source /opt/load-libs.sh <N>   <--- Siendo <N> el numero de opción de las librerías deseadas

• Las librerías y modelos se encuentran instalados en:

/opt

• Dentro de cada directorio se encuentra la versión de la librería o modelo según el compilador utilizado. Por ejemplo:

/opt/wrf/WRF-4.3.2/intel

o

/opt/wrf/WRF-4.3.2/gnu

Para ejecutar un trabajo:

• En el archivo pbs elijo la cantidad de nodos y procesadores que quiero utilizar. Ejemplo para 8 nodos de 1 procesador cada uno:

#PBS -l nodes=8:ppn=1 
PROC_NO=8

• Otro ejemplo es elegir 3 nodos de dos procesadores cada uno:

#PBS -l nodes=3:ppn=2
PROC_NO=6

• Por último, debemos indicar que cola se usará. Actualmente hay sólo una cola (larga)

#PBS -q larga

• Una vez que esta todo modificado ejecutamos:

qsub corrida.pbs

• Para visualizar lo que ejecutamos y el estado:

qstat –n

• Para matar el trabajo que enviamos:

qdel <número de trabajo> (número de trabajo lo sabemos haciendo qstat –n)

• Config de un archivo PBS típico

## Job Name
#PBS -N nombreJob

## Novedades por mail
#PBS -m abe
#PBS -M <my.user>@cima.fcen.uba.ar

## Joins standard and Error outputs in a single file
#PBS -j oe

## Queue
#PBS -q larga

## resources
#PBS -l nodes=3:ppn=1