Revisión de 11:26 1 feb 2023

Prueba de simulado en AMBA

WORKDIR = /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba 

Datos atmosféricos

Se parte de simulaciones de WRF ya realizadas ver referencia.

Datos en:

/home/solange.luque/salidas/lluis.fita/estudios/ChemGBsAs/sims/weeks/20121110/control

mcip

Se utiliza el programa de CMAQ mcip (MCIP-epa) para generar los archivos con las condiciones atmosféricas necesarias para CMAQ. Seguimos los mismos pasos que [1]

Tener la script para correr el programa:

export CMAQ_HOME=/home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/
cd /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/PREP/mcip/scripts
diff run_mcip.csh run_mcip.csh.old
125,128c125
< # config_cmaq.csh modifies $CMAQ_HOME
< set val = $CMAQ_HOME
< source $CMAQ_HOME/config_cmaq.csh intel
< set CMAQ_HOME = $val
---
> source $CMAQ_HOME/config_cmaq.csh
129a127,129
> set APPL       = 160702
> set CoordName  = LamCon_40N_97W    # 16-character maximum
> set GridName   = 2016_12SE1        # 16-character maximum
131,136c131,132
< set APPL       = AMBA
< set CoordName  = ChemGBsAs_d03     # 16-character maximum
< set GridName   = ChemGBsAs_d03_cp  # 16-character maximum
< 
< set DataPath   = /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA
< set InMetDir   = $DataPath/wrf 
---
> set DataPath   = $CMAQ_DATA
> set InMetDir   = $DataPath/wrf
138c134
< set OutDir     = $DataPath/mcip/$APPL
---
> set OutDir     = $DataPath/mcip/$GridName
142,143d137
< 
< 
163,165c157,159
< set InMetFiles = ( $InMetDir/wrfout_d03_2012-11-14_12:00:00 \
< 		   $InMetDir/wrfout_d03_2012-11-15_00:00:00 \
<                    $InMetDir/wrfout_d03_2012-11-15_12:00:00 )
---
> set InMetFiles = ( $InMetDir/subset_wrfout_d01_2016-07-01_00:00:00 \
>                    $InMetDir/subset_wrfout_d01_2016-07-02_00:00:00 \
>                    $InMetDir/subset_wrfout_d01_2016-07-03_00:00:00 )
167,168c161,162
< set IfGeo      = "T"
< set InGeoFile  = $InGeoDir/geo_em.d03.nc
---
> set IfGeo      = "F"
> set InGeoFile  = $InGeoDir/geo_em_d01.nc
195,196c189,190
< set MCIP_START = 2012-11-15-00:00:00.0000  # [UTC]
< set MCIP_END   = 2012-11-15-23:00:00.0000  # [UTC]
---
> set MCIP_START = 2016-07-02-00:00:00.0000  # [UTC]
> set MCIP_END   = 2016-07-03-00:00:00.0000  # [UTC]
222c216
< set BTRIM = 5
---
> set BTRIM = 0
262c256
< set WRF_LC_REF_LAT = -999.0
---
> set WRF_LC_REF_LAT = 40.0

NOTA: El intervalo de salida de mcip tiene que ser el mismo que el del inventario porque sino busca con la frecuencia de mcip los datos en el inventario y no los encuentra. Siento que no debiera ser así, pero no funcionaba de otra forma. Otra cosa: La fecha de inicio y final de mcip también tiene que coincidir con la del inventario. Como el inventario empieza a las 00:00 no queda otra que mcip arranque desde ahí también. Para eso, va a necesitar el time step de las 23 del dia anterior así que si o si hay que agregar el fichero de wrf del dia anterior.

Crear enlaces de los datos atmosféricos (los geo_em.d0[n].nc, ya están ahí):

ln -s /home/solange.luque/salidas/lluis.fita/estudios/ChemGBsAs/sims/weeks/20121110/control/wrfout_d03_* /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/wrf/

Ejecutando:

source /opt/load-libs.sh 1
./run_mcip.csh >& run_mcip.log

Se obtienen los archivos:

ls /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/mcip/AMBA

GRIDBDY2D_AMBA.nc  GRIDDESC             LUFRAC_CRO_AMBA.nc  METCRO2D_AMBA.nc  METDOT3D_AMBA.nc  SOI_CRO_AMBA.nc
GRIDCRO2D_AMBA.nc  GRIDDOT2D_AMBA.nc  METBDY3D_AMBA.nc    METCRO3D_AMBA.nc  namelist.mcip

Inventarios

Inventarios de emisiones y prepararlos para CMAQ.

Seguimos los pasos de [2]

El directorio de trabajo en hydra es:

WORKDIR = /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones

Generación GRIDDESC

Generación de los archivos ASCII de información de las proyecciones (GRIDDESC) en las cuáles se encuentran los distintos datos.

inventario

A partir de los datos ya regrillados en los archivos NOXtot.nc y VOCtot.nc. Se leen directamente los datos de los archivos y se rellena la información. En Inventarios_1k.griddesc:

!  coords --line:  name; type,  P-alpha, P-beta, P-gamma, xcent, ycent
'AMBA_emis'
 1,   0.0D0, 0.0D0, 0.0D0, 0.0D0, 0.0D0 
' ' ! end coords.  grids:  name; xorig, yorig, xcell, ycell, ncols, nrows, nthik
'AMBA_emis_cp'
'AMBA_emis'     -58.99   -35.05  0.00899321605  0.00899321605   84    84 1
' ' !  end grids

dominio

A partir de una salida de WRF y con el programa IOAPI wrfgriddesc se genera directamante el archivo GRIDDESC. NO HACE FALTA. VAMOS A USAR DIRECTAMENTE EL QUE SALE DE MCIP

Variables de entorno

setenv PROMPTFLAG no
setenv WRFFILE /home/solange.luque/salidas/lluis.fita/estudios/ChemGBsAs/sims/weeks/20121110/control/wrfout_d03_2012-11-13_00:00:00
setenv OUTDESC /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/ChemGBsAs_d03.griddesc
setenv CRDNAME ChemGBsAs_d03
setenv CROGRID ChemGBsAs_d03_cpgrd
setenv DOTGRID ChemGBsAs_d03_dotgrd
setenv STXGRID ChemGBsAs_d03_xstag
setenv STYGRID ChemGBsAs_d03_ystag

Ejecutando:

setenv ROOT_IOAPI /home/solange.luque/libraries/ioapi/v3.2-20200828/gnu/Linux2_x86_64/
${ROOT_IOAPI}/wrfgriddesc >& run_wrfgriddesc.log

El contenido de ChemGBsAs_d03.griddesc

!  coords --line:  name; type,  P-alpha, P-beta, P-gamma, xcent, ycent
 'ChemGBsAs_d03'
     2   -3.5600000D+01   -3.3600000D+01   -5.8400000D+01   -5.8400000D+01   -3.4600000D+01
  
 ' ' !  end coords.  grids:  name; xorig, yorig, xcell, ycell, ncols, nrows, nthik
  
 'ChemGBsAs_d03_cp'
 'ChemGBsAs_d03'  -6.9013191E+04  -6.3011015E+04   1.0000000E+03   1.0000000E+03   132   126     1
 'ChemGBsAs_d03_do'
 'ChemGBsAs_d03'  -6.9513191E+04  -6.3511015E+04   1.0000000E+03   1.0000000E+03   133   127     1
 'ChemGBsAs_d03_xs'
 'ChemGBsAs_d03'  -6.9513191E+04  -6.3011015E+04   1.0000000E+03   1.0000000E+03   133   126     1
 'ChemGBsAs_d03_ys'
 'ChemGBsAs_d03'  -6.9013191E+04  -6.3511015E+04   1.0000000E+03   1.0000000E+03   132   127     1
 ' ' !  end grids

Especiación emisiones

Los archivos con las emisiones de VOC y NOx para AMBA, se tienen en valores totales. Se tienen que especificar (disgregar) para cada tipo de fuente de emisión.

Para ello se utiliza la script de python nc_to_m3fake.py del GITcimaCMAQ. Además de las tablas con las características de las múltiples fuentes de AMBA recopiladas en los archivos Estimacion_fi_para_el_AMBA_CMAQ.xlsx (estas tablas de características, así cómo también las fuentes ya regrilladas, son fruto de trabajos anteriores de Andrea Pineda Rojas, Laura E. Vengas Air Quality-Models and Applications, 2011, doi: 10.5772/18767)

python3 nc_to_m3fake.py NOXtot.nc NOx /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/
python3 nc_to_m3fake.py VOCtot.nc VOC /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/

De las scripts se generan los archivos que movemos a la nueva carpeta llamada contaminantes junto con el griddesc del inventario Inventarios_1k.griddesc:

ls contaminantes/
ACET_AMBA      ALD2_AMBA  BENZENE_AMBA      ETHA_AMBA  ETHY_AMBA  Inventarios_1k.griddesc  ISPD_AMBA  NO2_AMBA  OLE_AMBA  PRPA_AMBA      TOL_AMBA   XYLMN_AMBA
ACROLEIN_AMBA  ALDX_AMBA  BUTADIENE13_AMBA  ETH_AMBA   FORM_AMBA  IOLE_AMBA                KET_AMBA   NO_AMBA   PAR_AMBA  TOLU_AMBA

Transformación netCDF a IOAPI

La generación de un archivo en formato IOAPI desde datos en ASCII se realiza con el programa m3fake. Dicho programa requiere la introducción de toda la información de cada fuente de emisión. A fin de agilizar este proceso, se ha creado la script de python m3fake/run_m3fake.py (disponible desde GITcimaCMAQ) que lee los distintos archivos de las emisiones (ver paso previo), y genera un archivo ASCII el cual se utiliza para correr el m3fake.

Ejecutando (desde ~/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/contaminantes):

python3 /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/tools/m3fake/run_m3fake.py 
  /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/contaminantes 
  /home/solange.luque/libraries/ioapi/v3.2-20200828/gnu/Linux2_x86_64/m3fake

El cuál genera el archivo:

args_m3fake.txt 

Se corre el m3fake:

export GRIDDESC=Inventarios_1k.griddesc
$ROOT_IOAPI/m3fake < args_m3fake.txt

El cuál genera el archivo:

inv_ioapi_AMBA 

Interpolación a dominio de simulación

Para interpolar el inventario al dominio de simulación vamos a trabajar en:

WORKDIR = /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/interpolacion

Necesitamos acá el griddesc del dominio de simulación. Lo podemos linkear:

ln -s /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/mcip/AMBA mcip.griddesc 

Necesitamos también el inventario en IOAPI que acabamos de crear:

ln -s /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/contaminantes/inv_ioapi_AMBA inv_1k 

Variables de entorno:

setenv GRIDDESC mcip.griddesc
setenv SCALEFAC 1.0  

Ahora queda correr el script de python que genera los argumentos para correr m3cple (Si quisieramos cambiarle el nombre a los ficheros hay que modificarlo ahí. En el script o a mano en el .txt, es lo mismo)

python3 /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/tools/run_m3cple.py serv

Esto genera el archivo ASCII

args_m3cple.txt

Ahora sí, se corre finalmente m3cple.

$ROOT_IOAPI/m3cple < args_m3cple.txt

Esto genera el fichero IOAPI:

gridr_inv_1k

C.I. y C.C. químicas

Condiciones de contorno e iniciales para la química atmosférica

El directorio de trabajo en hydra es:

WORKDIR = /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/icbc

Como un primer acercamiento, vamos a usar de condiciones de contorno e iniciales los perfiles verticales que vienen por default con CMAQ. Los linkeamos acá:

ln -s /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/PREP/bcon/src/profile/avprofile_* .

Deberíamos tener:

[1] avprofile_cb6r3m_ae7_kmtbr_hemi2016_v53beta2_m3dry_col051_row068.csv 
[2] avprofile_saprc07tc_ae6_aq_derived_from_cb6r3m_ae7_kmtbr_hemi2016_v53beta2_m3dry_col051_row068.csv
[3] avprofile_racm_ae6_aq_derived_from_cb6r3m_ae7_kmtbr_hemi2016_v53beta2_m3dry_col051_row068.csv  
[4] avprofile_saprc07tic_ae7i_aq_derived_from_cb6r3m_ae7_kmtbr_hemi2016_v53beta2_m3dry_col051_row068.csv

Cada uno de estos está calculado usando diferentes mecanismos. Debiéramos elegir uno, que tiene que coincidir con la especiación / mecanismo de las emisiones propias. Mirar figuras (número coincide con nombre de archivo)

Se tiene que transformar formato IOAPI utilizando las herramientas icon (como en [3]) y bcon (como en [4])

Empecemos por las condiciones iniciales. La carpeta de trabajo es:

cd /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/PREP/icon/scripts

Hay que modificar el script run_icon.csh. Para eso copiamos la versión vieja y modificamos. Si queremos cambiar el perfil que usamos (para usar otro mecanismo), es acá también. Por ahora lo dejé así con cb6r3m_ae7.

cp run_icon.csh run_icon.csh.old
diff run_icon.csh run_icon.csh.old
<  set APPL     = AMBA              #> Application Name
<  set ICTYPE   = profile                  #> Initial conditions type [profile|regrid]
---
>  set APPL     = 2016_12SE1              #> Application Name
>  set ICTYPE   = regrid                  #> Initial conditions type [profile|regrid]
41c41
<  setenv GRID_NAME ChemGBsAs_d03_cp               #> check GRIDDESC file for GRID_NAME options
---
>  setenv GRID_NAME SE53BENCH               #> check GRIDDESC file for GRID_NAME options
43c43
<  setenv GRIDDESC /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/mcip/AMBA/GRIDDESC
---
>  setenv GRIDDESC /work/MOD3DATA/SE53BENCH/met/mcip/GRIDDESC
88c88
<     set DATE = "2012-11-15"
---
>     set DATE = "2016-07-01"
104c104
<     setenv MET_CRO_3D_FIN /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/mcip/AMBA/METCRO3D_AMBA.nc
---
>     setenv MET_CRO_3D_FIN /work/MOD3DATA/SE53BENCH/met/mcip/METCRO3D_${YYMMDD}.nc

Y ahora ejecutamos:

./run_icon.csh |& tee run_icon.log

Esto genera el fichero:

/home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/data/icon/ICON_v54_AMBA_profile_20121115

Ahora a las condiciones de borde. Hacemos lo mismo: Nos vamos a la carpeta de bcon y copiamos el run_bcon.csh.

cd /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/PREP/bcon/scripts
cp run_bcon.csh run_bcon.csh.old

Ahora lo modificamos. Acá también si queremos cambiar el perfil que usamos (para usar otro mecanismo), hay que cambiarlo. Por ahora lo dejé así con cb6r3m_ae7.

diff run_bcon.csh run_bcon.csh.old
32,33c32,33
<  set APPL     = AMBA              #> Application Name
<  set BCTYPE   = profile                  #> Boundary condition type [profile|regrid]
---
>  set APPL     = 2016_12SE1              #> Application Name
>  set BCTYPE   = regrid                  #> Boundary condition type [profile|regrid]
41c41
<  setenv GRID_NAME ChemGBsAs_d03_cp               #> check GRIDDESC file for GRID_NAME options
---
>  setenv GRID_NAME SE53BENCH               #> check GRIDDESC file for GRID_NAME options
43c43
<  setenv GRIDDESC /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/mcip/AMBA/GRIDDESC
---
>  setenv GRIDDESC /work/MOD3DATA/SE53BENCH/met/mcip/GRIDDESC
88c88
<     set DATE = "2012-11-15"
---
>     set DATE = "2016-07-01"
105c105
<     setenv MET_BDY_3D_FIN /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/mcip/AMBA/METBDY3D_AMBA.nc
---
>     setenv MET_BDY_3D_FIN /work/MOD3DATA/SE53BENCH/met/mcip/METBDY3D_${YYMMDD}.nc

Ahora ejecutamos.

./run_bcon.csh |& tee run_bcon.log

Esto crea el fichero:

/home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/data/bcon/BCON_v54_AMBA_profile_20121115

Ahora copiamos estos dos ficheros en el directorio de trabajo

cp /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/data/bcon/BCON_v54_AMBA_profile_20121115 /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/icbc/BCON_v54_AMBA_profile_20121115
cp /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/data/icon/ICON_v54_AMBA_profile_20121115 /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/icbc/ICON_v54_AMBA_profile_20121115

Configuración CMAQ

Configurar CMAQ para determinar opciones de química y física.

Primero creamos la carpeta AMBA:

mkdir /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/data/AMBA

En esa carpeta vamos a linkear los inputs.

ln -s ~/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/icbc icbc
ln -s ~/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/mcip mcip
ln -s ~/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/wrf wrf
ln -s ~/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/ChemGBsAs_d03.griddesc GRIDDESC

Creamos una carpeta para las emisiones:

mkdir emis
cd emis
mkdir gridded_area
cd gridded_area
mkdir gridded

Linkeamos el inventario ahí:

ln -s /home/solange.luque/estudios/CMAQ-AMBA/prueba/DATA/emisiones/interpolacion/gridr_inv_1k 
  /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/data/AMBA/emis/gridded_area/gridded/gridded_AMBA 

Primero hay que editar bldit_cctm.csh con las opciones que querramos. Esto está acá:

cd /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts
cp bldit_cctm.csh bldit_cctm.csh.old
diff bldit_cctm.csh bldit_cctm.csh.old
134c134
<  setenv Mechanism cb6r3_ae7_aq              #> chemical mechanism (see $CMAQ_MODEL/CCTM/src/MECHS) 
---
>  setenv Mechanism cb6r5_ae7_aq              #> chemical mechanism (see $CMAQ_MODEL/CCTM/src/MECHS)

Lo corremos:

./bldit_cctm.csh intel >& bldit_cctm_AMBA.log

Nota: Si es una recompilación, hay que borrar todo antes.

rm -rf BLD_CCTM_v54_intel/*

Esto debiera crear al ejecutable:

/home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/CCTM_v54.exe

Ahora hay que editar los paths de los inputs. Esto está definido en el .csh que se corre con el modelo. Para eso nos copiamos primero uno de referencia y lo vamos a modificar. Esto está en:

cd /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts
cp run_cctm_Bench_2016_12SE1.csh run_AMBA.csh
diff run_cctm_Bench_2016_12SE1.csh run_AMBA.csh
38,39c38,39
<  set MECH      = cb6r5_ae7_aq      #> Mechanism ID
<  set APPL      = Bench_2016_12SE1  #> Application Name (e.g. Gridname)
---
>  set MECH      = cb6r3_ae7_aq      #> Mechanism ID
>  set APPL      = AMBA  #> Application Name (e.g. Gridname)
57c57
<  setenv INPDIR  ${CMAQ_DATA}/2016_12SE1            #> Input Directory
---
>  setenv INPDIR  ${CMAQ_DATA}/AMBA            #> Input Directory
75,76c75,76
<  set START_DATE = "2016-07-01"     #> beginning date (July 1, 2016)
<  set END_DATE   = "2016-07-01"     #> ending date    (July 1, 2016)
---
>  set START_DATE = "2012-11-15"     #> beginning date (July 1, 2016)
>  set END_DATE   = "2012-11-15"     #> ending date    (July 1, 2016)
121c121
< setenv GRID_NAME 2016_12SE1         #> check GRIDDESC file for GRID_NAME options
---
> setenv GRID_NAME ChemGBsAs_d03_cp         #> check GRIDDESC file for GRID_NAME options
150c150
< setenv CTM_OCEAN_CHEM Y      #> Flag for ocean halgoen chemistry and sea spray aerosol emissions [ default: Y ]
---
> setenv CTM_OCEAN_CHEM N      #> Flag for ocean halgoen chemistry and sea spray aerosol emissions [ default: Y ]
158c158
< setenv CTM_ABFLUX Y          #> ammonia bi-directional flux for in-line deposition 
---
> setenv CTM_ABFLUX N          #> ammonia bi-directional flux for in-line deposition 
169c169
< setenv CTM_BIOGEMIS_BE Y     #> calculate in-line biogenic emissions with BEIS [ default: N ]
---
> setenv CTM_BIOGEMIS_BE N     #> calculate in-line biogenic emissions with BEIS [ default: N ]
233c233
< set METpath   = $INPDIR/met/mcipv5.0                #> meteorology input directory 
---
> set METpath   = $INPDIR/mcip/AMBA                #> meteorology input directory 
283c283
<      setenv ICFILE ICON_20160630_bench.nc
---
>      setenv ICFILE ICON_v54_AMBA_profile_20121115
292c292
<   set BCFILE = BCON_${YYYYMMDD}_bench.nc
---
>   set BCFILE = BCON_v54_AMBA_profile_20121115
304,312c304,312
<   setenv GRID_BDY_2D $METpath/GRIDBDY2D_${YYMMDD}.nc  # GRID files are static, not day-specific
<   setenv GRID_CRO_2D $METpath/GRIDCRO2D_${YYMMDD}.nc
<   setenv GRID_CRO_3D $METpath/GRIDCRO3D_${YYMMDD}.nc
<   setenv GRID_DOT_2D $METpath/GRIDDOT2D_${YYMMDD}.nc
<   setenv MET_CRO_2D $METpath/METCRO2D_${YYMMDD}.nc
<   setenv MET_CRO_3D $METpath/METCRO3D_${YYMMDD}.nc
<   setenv MET_DOT_3D $METpath/METDOT3D_${YYMMDD}.nc
<   setenv MET_BDY_3D $METpath/METBDY3D_${YYMMDD}.nc
<   setenv LUFRAC_CRO $METpath/LUFRAC_CRO_${YYMMDD}.nc
---
>   setenv GRID_BDY_2D $METpath/GRIDBDY2D_AMBA.nc  # GRID files are static, not day-specific
>   setenv GRID_CRO_2D $METpath/GRIDCRO2D_AMBA.nc
>   setenv GRID_CRO_3D $METpath/GRIDCRO3D_AMBA.nc
>   setenv GRID_DOT_2D $METpath/GRIDDOT2D_AMBA.nc
>   setenv MET_CRO_2D $METpath/METCRO2D_AMBA.nc
>   setenv MET_CRO_3D $METpath/METCRO3D_AMBA.nc
>   setenv MET_DOT_3D $METpath/METDOT3D_AMBA.nc
>   setenv MET_BDY_3D $METpath/METBDY3D_AMBA.nc
>   setenv LUFRAC_CRO $METpath/LUFRAC_CRO_AMBA.nc
344c344
<   setenv CMAQ_MASKS $SZpath/OCEAN_${MM}_L3m_MC_CHL_chlor_a_SE53BENCH.nc #> horizontal grid-dependent ocean file
---
>   #setenv CMAQ_MASKS $SZpath/OCEAN_${MM}_L3m_MC_CHL_chlor_a_SE53BENCH.nc #> horizontal grid-dependent ocean file
347,348c347,348
<   setenv N_EMIS_GR 2
<   set EMISfile  = emis_mole_all_${YYYYMMDD}_cb6_bench.nc
---
>   setenv N_EMIS_GR 1
>   set EMISfile  = gridded_AMBA
351c351
<   setenv GR_EM_SYM_DATE_001 F # To change default behaviour please see Users Guide for EMIS_SYM_DATE
---
>   setenv GR_EM_SYM_DATE_001 Y # To change default behaviour please see Users Guide for EMIS_SYM_DATE
353,356c353,356
<   set EMISfile  = emis_mole_rwc_${YYYYMMDD}_12US1_cmaq_cb6_2016ff_16j.nc
<   setenv GR_EMIS_002 ${EMISpath2}/${EMISfile}
<   setenv GR_EMIS_LAB_002 GR_RES_FIRES
<   setenv GR_EM_SYM_DATE_002 F # To change default behaviour please see Users Guide for EMIS_SYM_DATE
---
>   #set EMISfile  = emis_mole_rwc_${YYYYMMDD}_12US1_cmaq_cb6_2016ff_16j.nc
>   #setenv GR_EMIS_002 ${EMISpath2}/${EMISfile}
>   #setenv GR_EMIS_LAB_002 GR_RES_FIRES
>   #setenv GR_EM_SYM_DATE_002 F # To change default behaviour please see Users Guide for EMIS_SYM_DATE
359c359
<   setenv N_EMIS_PT 8          #> Number of elevated source groups
---
>   #setenv N_EMIS_PT 8          #> Number of elevated source groups
361,362c361,362
<   set STKCASEG = 12US1_2016ff_16j           # Stack Group Version Label
<   set STKCASEE = 12US1_cmaq_cb6_2016ff_16j  # Stack Emission Version Label
---
>   #set STKCASEG = 12US1_2016ff_16j           # Stack Group Version Label
>   #set STKCASEE = 12US1_cmaq_cb6_2016ff_16j  # Stack Emission Version Label
365,372c365,372
<   setenv STK_GRPS_001 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptnonipm_${STKCASEG}.nc
<   setenv STK_GRPS_002 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptegu_${STKCASEG}.nc
<   setenv STK_GRPS_003 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_othpt_${STKCASEG}.nc
<   setenv STK_GRPS_004 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptagfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEG}.nc
<   setenv STK_GRPS_005 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEG}.nc
<   setenv STK_GRPS_006 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptfire_othna_${YYYYMMDD}_${STKCASEG}.nc
<   setenv STK_GRPS_007 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_pt_oilgas_${STKCASEG}.nc
<   setenv STK_GRPS_008 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_cmv_c3_${STKCASEG}.nc
---
>   #setenv STK_GRPS_001 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptnonipm_${STKCASEG}.nc
>   #setenv STK_GRPS_002 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptegu_${STKCASEG}.nc
>   #setenv STK_GRPS_003 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_othpt_${STKCASEG}.nc
>   #setenv STK_GRPS_004 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptagfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEG}.nc
>   #setenv STK_GRPS_005 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEG}.nc
>   #setenv STK_GRPS_006 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_ptfire_othna_${YYYYMMDD}_${STKCASEG}.nc
>   #setenv STK_GRPS_007 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_pt_oilgas_${STKCASEG}.nc
>   #setenv STK_GRPS_008 $IN_PTpath/stack_groups/stack_groups_cmv_c3_${STKCASEG}.nc
375,382c375,382
<   setenv STK_EMIS_001 $IN_PTpath/ptnonipm/inln_mole_ptnonipm_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
<   setenv STK_EMIS_002 $IN_PTpath/ptegu/inln_mole_ptegu_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
<   setenv STK_EMIS_003 $IN_PTpath/othpt/inln_mole_othpt_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
<   setenv STK_EMIS_004 $IN_PTpath/ptagfire/inln_mole_ptagfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
<   setenv STK_EMIS_005 $IN_PTpath/ptfire/inln_mole_ptfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
<   setenv STK_EMIS_006 $IN_PTpath/ptfire_othna/inln_mole_ptfire_othna_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
<   setenv STK_EMIS_007 $IN_PTpath/pt_oilgas/inln_mole_pt_oilgas_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
<   setenv STK_EMIS_008 $IN_PTpath/cmv_c3/inln_mole_cmv_c3_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
---
>   #setenv STK_EMIS_001 $IN_PTpath/ptnonipm/inln_mole_ptnonipm_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
>   #setenv STK_EMIS_002 $IN_PTpath/ptegu/inln_mole_ptegu_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
>   #setenv STK_EMIS_003 $IN_PTpath/othpt/inln_mole_othpt_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
>   #setenv STK_EMIS_004 $IN_PTpath/ptagfire/inln_mole_ptagfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
>   #setenv STK_EMIS_005 $IN_PTpath/ptfire/inln_mole_ptfire_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
>   #setenv STK_EMIS_006 $IN_PTpath/ptfire_othna/inln_mole_ptfire_othna_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
>   #setenv STK_EMIS_007 $IN_PTpath/pt_oilgas/inln_mole_pt_oilgas_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
>   #setenv STK_EMIS_008 $IN_PTpath/cmv_c3/inln_mole_cmv_c3_${YYYYMMDD}_${STKCASEE}.nc
385,392c385,392
<   setenv STK_EMIS_LAB_001 PT_NONEGU
<   setenv STK_EMIS_LAB_002 PT_EGU
<   setenv STK_EMIS_LAB_003 PT_OTHER
<   setenv STK_EMIS_LAB_004 PT_AGFIRES
<   setenv STK_EMIS_LAB_005 PT_FIRES
<   setenv STK_EMIS_LAB_006 PT_OTHFIRES
<   setenv STK_EMIS_LAB_007 PT_OILGAS
<   setenv STK_EMIS_LAB_008 PT_CMV
---
>   #setenv STK_EMIS_LAB_001 PT_NONEGU
>   #setenv STK_EMIS_LAB_002 PT_EGU
>   #setenv STK_EMIS_LAB_003 PT_OTHER
>   #setenv STK_EMIS_LAB_004 PT_AGFIRES
>   #setenv STK_EMIS_LAB_005 PT_FIRES
>   #setenv STK_EMIS_LAB_006 PT_OTHFIRES
>   #setenv STK_EMIS_LAB_007 PT_OILGAS
>   #setenv STK_EMIS_LAB_008 PT_CMV
397,404c397,404
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_001 T
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_002 T
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_003 T
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_004 T
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_005 T
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_006 T
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_007 T
<   setenv STK_EM_SYM_DATE_008 T
---
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_001 T
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_002 T
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_003 T
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_004 T
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_005 T
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_006 T
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_007 T
>   #setenv STK_EM_SYM_DATE_008 T
444c444
<   setenv OCEAN_1 $SZpath/OCEAN_${MM}_L3m_MC_CHL_chlor_a_SE53BENCH.nc #> horizontal grid-dependent ocean file
---
>   #setenv OCEAN_1 $SZpath/OCEAN_${MM}_L3m_MC_CHL_chlor_a_SE53BENCH.nc #> horizontal grid-dependent ocean file
710c710,711
<   ( /usr/bin/time -p mpirun -np $NPROCS $BLD/$EXEC ) |& tee buff_${EXECUTION_ID}.txt
---
>  # ( /usr/bin/time -p mpirun -np $NPROCS $BLD/$EXEC ) |& tee buff_${EXECUTION_ID}.txt
>   (mpirun -np $NPROCS $BLD/$EXEC ) |& tee buff_${EXECUTION_ID}.txt

NOTAS sobre la configuración:

• Acerca de la estabilidad numérica y CFLs, leer este post en el foro CMAS

Simulado CMAQ

Ahora sí, solo queda correr el modelo. El directorio de trabajo es

WORKDIR = /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts

Para correr en la cola de Hydra necesitamos un script. Nos copiamos uno que ya hay:

cp launch_cctm_intel.pbs launch_cctm_intel_AMBA.pbs

Lo modificamos:

diff launch_cctm_intel.pbs launch_cctm_intel_AMBA.pbs
38c38
< ./run_cctm_Bench_2018_12NE3.csh >& run_Bench_2018-12NE3.log
---
> ./run_AMBA.csh >& run_AMBA.log

Hay un par de tablas que necesitamos del mecanismo que estamos usando En este caso cb6r3_ae7_aq). Se pueden encontrar acá,

Las creamos y le copiamos los datos:

nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/CSQY_DATA_cb6r3_ae7_aq
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/GC_cb6r3_ae7_aq.nml
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/AE_cb6r3_ae7_aq.nml
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/NR_cb6r3_ae7_aq.nml
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/CMAQ_Control_DESID_cb6r3_ae7_aq.nml
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/SpecDef_Dep_cb6r3_ae7_aq.txt
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/SpecDef_cb6r3_ae7_aq.txt
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/mech_cb6r3_ae7_aq.def
nano /home/solange.luque/MODELOS/CMAQ/intel/src/CMAQ-master/CMAQ_Project/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v54_intel/pa_cb6r3_ae7_aq.ctl

Ahora sí, corremos:

qsub launch_cctm_intel_AMBA.pbs

Si hay algún error, conviene mirar en el log de que nodo está el problema:

grep -i error CTM_LOG*

El problema ahora es este:

WARNING: JTABLE mechanism is for CB6R3_AE7_AQ                     but gas chemistry name is CB6R5_AE7_AQ

Al no tener bien seteado el mecanismo, no encuentra ciertas reacciones en la tabla. No sé porque no lo está cambiando, no sé donde más se podría cambiar.