procesos zombies
De Wikicima
Un proceso zombie se entiende cómo ese proceso que fue lanzado dentro de la cola PBS de gestión de trabajos, que ocupa espacio en el sistema del clúster, pero que actualmente no está en curso.
Esta situación suele ocurrir cuando el clúster se apaga de una manera no controloda, el espacio en el 'home' del clúster se llena.
Es importante que se paren estos procesos, puesto que suponen un sobre esfuerzo para los nodos en los cuáles estos procesos zombies están ejecutándose.
NOTA: este es el único caso en el cuál está permitido entrar en los nodos de cálculo del clúster.
Se generaron dos scripts de shell para controlar estas situaciones.
Contenido |
scripts
Estas son las scripts de shell que se tienen para manejar los zombies del clúster
check_zombies
Esta shell se encarga de consultar en todos los nodos del clúster si el usuarie [usuarie] tiene procesos corriendo del programa [aplicacion], su uso:
/share/WRF/check_zombies.bash [usuarie] [aplicacion]
Ejemplo de uso para el usuarie lluis.fita y el wrf.exe
/share/WRF/check_zombies.bash lluis.f wrf.exe
nota: Noten que sólo se usa la parte inicial del nombre de usuarie.
kill_zombies
Esta shell se encarga de eliminiar en todos los nodos del clúster los procesos corriendo del programa [aplicacion] del usuarie [usuarie] tiene procesos corriendo del programa [aplicacion], su uso:
/share/WRF/kill_zombies.bash [usuarie] [aplicacion]
Ejemplo de uso para el usuarie lluis.fita y el wrf.exe
/share/WRF/kill_zombies.bash lluis.f wrf.exe
Se elminarán estos 'zombies' de wrf.exe del usuarie lluis.f y se liberarán los nodos.
Ejemplo Caso1
- Itendificar los procesos de la cola del sistema del usuario (ej. lluis.fita)
$ qstat Job id Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 4426.hydra wrf_control lluis.fita 1699:08: R larga 4427.hydra ...nsSFC-control lluis.fita 0 H larga 4432.hydra wrf_control50k pzaninelli 649:09:3 R larga 4433.hydra run_experiment pzaninelli 0 H larga 4438.hydra wrf_phy1 pzaninelli 645:40:5 R larga 4439.hydra run_experiment pzaninelli 0 H larga 4440.hydra WRF17O victoria.gallig 603:42:2 R larga 4441.hydra WRF17O victoria.gallig 600:18:4 R larga 4443.hydra WRF17O lluis.fita 0 Q larga
- El proceso
4426es una simulación de WRF.
$ qstat -f 4426
Job Id: 4426.hydra
Job_Name = wrf_control
Job_Owner = lluis.fita@node48
resources_used.cput = 1700:00:37
resources_used.mem = 6264020kb
resources_used.vmem = 15322976kb
resources_used.walltime = 72:40:26
job_state = R
queue = larga
server = hydra
Checkpoint = u
ctime = Sat Apr 7 10:47:06 2018
depend = beforeany:4427.hydra@hydra
Error_Path = node48:/home/lluis.fita/estudios/WRFsensSFC/simulations/contr
ol/wrf_control.e4426
exec_host = node48/23+node48/22+node48/21+node48/20+node48/19+node48/18+no
de48/17+node48/16+node48/15+node48/14+node48/13+node48/12+node48/11+no
de48/10+node48/9+node48/8+node48/7+node48/6+node48/5+node48/4+node48/3
+node48/2+node48/1+node48/0+node51/23+node51/22+node51/21+node51/20+no
de51/19+node51/18+node51/17+node51/16+node51/15+node51/14+node51/13+no
de51/12+node51/11+node51/10+node51/9+node51/8+node51/7+node51/6+node51
/5+node51/4+node51/3+node51/2+node51/1+node51/0
exec_port = 15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15
003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+
15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+1500
3+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15003+15
003+15003+15003
Hold_Types = n
Join_Path = oe
Keep_Files = n
Mail_Points = ae
Mail_Users = lluis.fita@cima.fcen.uba.ar
mtime = Sat Apr 7 10:48:06 2018
Output_Path = node48:/home/lluis.fita/estudios/WRFsensSFC/simulations/cont
rol/wrf_control.o4426
Priority = 0
qtime = Sat Apr 7 10:47:06 2018
Rerunable = True
Resource_List.mem = 30gb
Resource_List.nodect = 2
Resource_List.nodes = 2:ppn=24
Resource_List.vmem = 30gb
Resource_List.walltime = 168:00:00
session_id = 19561
Variable_List = PBS_O_QUEUE=larga,PBS_O_HOST=node48,
PBS_O_HOME=/home/lluis.fita,PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,
PBS_O_LOGNAME=lluis.fita,
PBS_O_PATH=/usr/local/bin:/opt/intel/composerxe-2011.3.174/bin/intel6
4:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:
/usr/local/maui/bin:/usr/local/maui/sbin:/usr/local/bin:/opt/intel/com
poserxe/bin:/usr/local/maui/bin:/usr/local/maui/sbin:/home/lluis.fita/
bin:/opt/intel/composerxe-2011.3.174/mpirt/bin/intel64:/usr/local/maui
/bin:/usr/local/maui/sbin,PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/lluis.fita,
PBS_O_SHELL=/bin/bash,PBS_SERVER=hydra,
PBS_O_WORKDIR=/home/lluis.fita/estudios/WRFsensSFC/simulations/contro
l
etime = Sat Apr 7 10:47:14 2018
submit_args = -W depend=afterany:4425 /home/lluis.fita/estudios/WRFsensSFC
/simulations/control/run_WRF.pbs
start_time = Sat Apr 7 10:47:14 2018
Walltime.Remaining = 343110
start_count = 1
fault_tolerant = False
submit_host = node48
init_work_dir = /home/lluis.fita/estudios/WRFsensSFC/simulations/control
- La variable
PBS_O_WORKDIRcontiene el path de ejecución del job. Se tiene que cercionar que el proceso (simulación WRF en este caso), está ejecutándose (en este caso si los rsl.out/error.[nnnn] se están actualizando). En este caso la ejecución del WRF se halla en $PBS_O_WORKDIR/run
$ ls -l /home/lluis.fita/estudios/WRFsensSFC/simulations/control/run/rsl.error.0000 rw-r--r-- 1 lluis.fita cima 1204224 Apr 8 19:07 /home/lluis.fita/estudios/WRFsensSFC/simulations/control/run/rsl.error.0000 $ date Tue Apr 10 11:32:35 ART 2018
- Está claro que el WRF no está ejecutándose adecuadamente. Así que se tendrá que entrar en el nodo en dónde se está ejecutando y parar el job, ya que el sistema de colas PBS no controla este proceso. El WRF se ejecuta en el nodo (valores de
exec_host) node48 y node51.
[lluis.fita@hydra ~]$ ssh node48
[lluis.fita@node48 ~]$ top
top - 11:35:40 up 5 days, 47 min, 0 users, load average: 23.00, 22.99, 23.03
Tasks: 246 total, 24 running, 198 sleeping, 0 stopped, 24 zombie
Cpu(s): 87.4%us, 8.4%sy, 0.0%ni, 4.1%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 0.0%si, 0.0%st
Mem: 32942908k total, 18055956k used, 14886952k free, 3972k buffers
Swap: 0k total, 0k used, 0k free, 12102316k cached
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
21531 lluis.fi 20 0 508m 256m 28m R 100.0 0.8 4360:00 wrf.exe
21532 lluis.fi 20 0 503m 248m 23m R 100.0 0.8 4358:44 wrf.exe
21537 lluis.fi 20 0 503m 247m 23m R 100.0 0.8 4359:53 wrf.exe
21540 lluis.fi 20 0 507m 252m 23m R 100.0 0.8 4359:52 wrf.exe
21545 lluis.fi 20 0 503m 249m 24m R 100.0 0.8 4359:35 wrf.exe
21546 lluis.fi 20 0 503m 247m 22m R 100.0 0.8 4359:51 wrf.exe
21547 lluis.fi 20 0 507m 253m 23m R 100.0 0.8 4360:04 wrf.exe
21548 lluis.fi 20 0 507m 254m 24m R 100.0 0.8 4359:52 wrf.exe
21549 lluis.fi 20 0 495m 241m 23m R 100.0 0.7 4359:44 wrf.exe
21550 lluis.fi 20 0 507m 251m 23m R 100.0 0.8 4359:47 wrf.exe
21552 lluis.fi 20 0 501m 249m 27m R 100.0 0.8 4359:49 wrf.exe
21529 lluis.fi 20 0 507m 252m 24m R 99.7 0.8 4359:42 wrf.exe
21530 lluis.fi 20 0 500m 246m 25m R 99.7 0.8 4360:05 wrf.exe
21533 lluis.fi 20 0 507m 253m 23m R 99.7 0.8 4359:55 wrf.exe
21534 lluis.fi 20 0 507m 254m 24m R 99.7 0.8 4360:04 wrf.exe
21535 lluis.fi 20 0 507m 252m 24m R 99.7 0.8 4359:40 wrf.exe
21536 lluis.fi 20 0 503m 250m 24m R 99.7 0.8 4359:37 wrf.exe
21539 lluis.fi 20 0 507m 252m 24m R 99.7 0.8 4359:01 wrf.exe
21541 lluis.fi 20 0 503m 248m 23m R 99.7 0.8 4360:07 wrf.exe
21542 lluis.fi 20 0 500m 250m 27m R 99.7 0.8 4359:49 wrf.exe
21543 lluis.fi 20 0 500m 244m 23m R 99.7 0.8 4359:43 wrf.exe
21544 lluis.fi 20 0 507m 251m 23m R 99.7 0.8 4359:34 wrf.exe
21551 lluis.fi 20 0 507m 257m 27m R 99.7 0.8 4360:02 wrf.exe
[lluis.fita@node48 ~]$ killall wrf.exe
[lluis.fita@node48 ~]$ top
top - 11:37:32 up 5 days, 49 min, 0 users, load average: 19.46, 22.23, 22.79
Tasks: 199 total, 1 running, 197 sleeping, 0 stopped, 1 zombie
Cpu(s): 0.0%us, 0.0%sy, 0.0%ni,100.0%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 0.0%si, 0.0%st
Mem: 32942908k total, 12665572k used, 20277336k free, 3972k buffers
Swap: 0k total, 0k used, 0k free, 12048020k cached
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
10 root 20 0 0 0 0 S 0.3 0.0 39:27.92 kworker/0:1
262 root 20 0 0 0 0 S 0.3 0.0 0:18.40 kpktgend_13
272 root 20 0 0 0 0 S 0.3 0.0 0:18.47 kpktgend_23
27134 lluis.fi 20 0 15280 1256 888 R 0.3 0.0 0:00.01 top
1 root 20 0 25660 1736 1428 S 0.0 0.0 0:05.71 init
2 root 20 0 0 0 0 S 0.0 0.0 0:00.00 kthreadd
3 root 20 0 0 0 0 S 0.0 0.0 0:01.17 ksoftirqd/0
[lluis.fita@node48 ~]$ exit
- Se repite el procedimiento en tantos nodos cómo ocupe el job (en este caso también
node51)
[lluis.fita@hydra ~]$ ssh node51 [lluis.fita@node51 ~]$ top [lluis.fita@node51 ~]$ killall wrf.exe [lluis.fita@node51 ~]$ top [lluis.fita@node51 ~]$ exit
- El job re-aparece cómo
cancelled(letraC)
[lluis.fita@hydra ~]$ qstat Job id Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 4426.hydra wrf_control lluis.fita 1703:44: C larga 4427.hydra ...nsSFC-control lluis.fita 0 R larga 4432.hydra wrf_control50k pzaninelli 654:14:4 R larga 4433.hydra run_experiment pzaninelli 0 H larga 4438.hydra wrf_phy1 pzaninelli 650:46:2 R larga 4439.hydra run_experiment pzaninelli 0 H larga 4440.hydra WRF17O victoria.gallig 608:46:5 R larga 4441.hydra WRF17O victoria.gallig 605:22:5 R larga 4443.hydra WRF17O lluis.fita 0 R larga
- Si el job no fuera cancelado, se hace encesaria la cancelación manual
$ qdel 4426
- Otros jobs que estabn en la cola PBS, ahora ya se están ejecutándose al liberarse los nodos! Se observa en el [ganglia] del sistema cómo los nodos 48 y 51, se descargan de carga de cálculo
Ejemplo de descarga de los nodos 48 y 51 después de matar un proceso 'zombie'
Ejemplo procesos sin PBS: Pasos a seguir II
Puede darse el caso, que el proceso esté ocupando el nodo y no se muestre cómo trabajo de la cola. En este caso el nodo estará ejecutando un proceso, pero para el sistema de colas PBS, no estaría ocupando recursos con lo que el nodo estaría sobre trabjando.
En este caso, al consultar el Ganglia del clúster, se ve que el nodo está en rojo y que está todo gris (en el ejemplo de Ganglia anterior los nodos 47,50 y 53). Para estar seguros será necesario entrar en todos los nodos del clúster uno a uno y asegurarse que no tenga ningún proceso sin job dependiente.
Ejemplo con el usuario pzaninelli
- Mirar procesos corriendo
[pzaninelli@hydra ~]$ qstat Job id Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 4432.hydra wrf_control50k pzaninelli 1248:26: R larga 4433.hydra run_experiment pzaninelli 0 H larga 4438.hydra wrf_phy1 pzaninelli 1244:57: R larga 4439.hydra run_experiment pzaninelli 0 H larga 4440.hydra WRF17O victoria.gallig 1201:37: R larga 4441.hydra WRF17O victoria.gallig 1197:29: R larga 4445.hydra wrf_control lluis.fita 593:41:0 R larga 4446.hydra ...nsSFC-control lluis.fita 0 H larga
- Determinar nodos y ruta de ejecución de todos los jobs del usuari.x.
[pzaninelli@hydra ~]$ qstat -f 4432
Job Id: 4432.hydra
Job_Name = wrf_control50k
(...)
exec_host = node46/23+node46/22+node46/21+node46/20+node46/19+node46/18+no
de46/17+node46/16+node46/15+node46/14+node46/13+node46/12+node46/11+no
de46/10+node46/9+node46/8+node46/7+node46/6+node46/5+node46/4+node46/3
+node46/2+node46/1+node46/0+node47/23+node47/22+node47/21+node47/20+no
de47/19+node47/18+node47/17+node47/16+node47/15+node47/14+node47/13+no
de47/12+node47/11+node47/10+node47/9+node47/8+node47/7+node47/6+node47
/5+node47/4+node47/3+node47/2+node47/1+node47/0
(...)
PBS_O_WORKDIR=/home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/control50k
(...)
[pzaninelli@hydra ~]$ qstat -f 4438
Job Id: 4438.hydra
(...)
exec_host = node49/23+node49/22+node49/21+node49/20+node49/19+node49/18+no
de49/17+node49/16+node49/15+node49/14+node49/13+node49/12+node49/11+no
de49/10+node49/9+node49/8+node49/7+node49/6+node49/5+node49/4+node49/3
+node49/2+node49/1+node49/0+node50/23+node50/22+node50/21+node50/20+no
de50/19+node50/18+node50/17+node50/16+node50/15+node50/14+node50/13+no
de50/12+node50/11+node50/10+node50/9+node50/8+node50/7+node50/6+node50
/5+node50/4+node50/3+node50/2+node50/1+node50/0
(...)
PBS_O_WORKDIR=/home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/phy1
- Se obtiene que:
- 4432: utiliza nodos 46 y 47 y se ejecuta en /home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/control50k
- 4438: utiliza nodos 49 y 50 y se ejecuta en /home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/phy1
- Los pasos a seguir para cada nodo son los siguientes. Se tiene que entrar en todos los nodos, puesto que no hay otra manera de conocer los procesos que se ejectuan en ellos
- Entrar en el nodo
$ ssh [nombreNodo]
- Chequear los procesos
- Si no se sabe el nombre de la aplicación que podría estar zombie
- Chequear los procesos
ps -ef | grep $USER
- Si se sabe el nombre de la aplicación (en el caso de ejemplo el modelo
WRF)
- Si se sabe el nombre de la aplicación (en el caso de ejemplo el modelo
ps -ef | grep [aplicación]
- Parar esos procesos que no correspondan (huérfanos de job PBS)
kill -9 [procesoID]
- Salir del nodo y empezar con el siguiente
exit
- Después de mirar en los nodos del 40 al 46, entrando en el nodo 47
[pzaninelli@hhydra ~]$ ssh node47 [pzaninelli@node47 ~]$ ps -ef | grep wrf.exe 1561 17995 1 74 Apr07 ? 3-00:53:43 ./wrf.exe 1561 17996 1 74 Apr07 ? 3-00:53:36 ./wrf.exe 1561 17997 1 74 Apr07 ? 3-00:49:04 ./wrf.exe 1561 17998 1 74 Apr07 ? 3-00:53:03 ./wrf.exe 1561 17999 1 74 Apr07 ? 3-00:57:12 ./wrf.exe 1561 18000 1 74 Apr07 ? 3-00:47:14 ./wrf.exe 1561 18001 1 74 Apr07 ? 3-00:50:55 ./wrf.exe 1561 18002 1 74 Apr07 ? 3-00:51:08 ./wrf.exe 1561 18003 1 74 Apr07 ? 3-00:53:33 ./wrf.exe 1561 18005 1 74 Apr07 ? 3-00:56:54 ./wrf.exe 1561 18006 1 74 Apr07 ? 3-00:49:51 ./wrf.exe 1561 18007 1 74 Apr07 ? 3-00:51:28 ./wrf.exe 1561 18008 1 74 Apr07 ? 3-00:53:13 ./wrf.exe 1561 18009 1 74 Apr07 ? 3-00:49:40 ./wrf.exe 1561 18010 1 74 Apr07 ? 3-00:52:07 ./wrf.exe 1561 18011 1 74 Apr07 ? 3-00:52:12 ./wrf.exe 1561 18012 1 74 Apr07 ? 3-00:54:05 ./wrf.exe 1561 18013 1 74 Apr07 ? 3-00:52:44 ./wrf.exe 1561 18014 1 74 Apr07 ? 3-00:49:45 ./wrf.exe 1561 18015 1 74 Apr07 ? 3-00:48:31 ./wrf.exe 1561 23401 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23402 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23403 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23404 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23405 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23406 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23407 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23408 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23409 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23410 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23411 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23412 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23413 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23414 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23415 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23416 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23417 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23418 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23419 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23420 23401 56 Apr09 ? 1-05:16:12 ./wrf.exe 1561 23421 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23422 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23423 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23424 23402 55 Apr09 ? 1-05:07:45 ./wrf.exe 1561 23425 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23426 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23427 23404 55 Apr09 ? 1-04:50:56 ./wrf.exe 1561 23428 23405 55 Apr09 ? 1-05:07:46 ./wrf.exe 1561 23429 23406 56 Apr09 ? 1-05:33:20 ./wrf.exe 1561 23430 23417 56 Apr09 ? 1-05:35:49 ./wrf.exe 1561 23431 23407 56 Apr09 ? 1-05:26:10 ./wrf.exe 1561 23432 23421 56 Apr09 ? 1-05:15:46 ./wrf.exe 1561 23433 23415 55 Apr09 ? 1-05:05:37 ./wrf.exe 1561 23434 23403 55 Apr09 ? 1-04:50:07 ./wrf.exe 1561 23435 23426 55 Apr09 ? 1-04:57:29 ./wrf.exe 1561 23436 23419 55 Apr09 ? 1-05:08:26 ./wrf.exe 1561 23437 23414 56 Apr09 ? 1-05:17:23 ./wrf.exe 1561 23438 23409 55 Apr09 ? 1-04:57:51 ./wrf.exe 1561 23439 23411 55 Apr09 ? 1-04:59:43 ./wrf.exe 1561 23440 23408 55 Apr09 ? 1-05:00:49 ./wrf.exe 1561 23441 23410 55 Apr09 ? 1-04:55:14 ./wrf.exe 1561 23442 23423 56 Apr09 ? 1-05:21:52 ./wrf.exe 1561 23443 23422 56 Apr09 ? 1-05:28:01 ./wrf.exe 1561 23444 23413 56 Apr09 ? 1-05:36:03 ./wrf.exe 1561 23445 23425 55 Apr09 ? 1-05:12:05 ./wrf.exe 1561 23446 23412 56 Apr09 ? 1-05:35:22 ./wrf.exe 1561 23447 23418 57 Apr09 ? 1-05:46:58 ./wrf.exe 1561 23448 23416 56 Apr09 ? 1-05:16:21 ./wrf.exe 1561 27514 27474 0 12:30 pts/0 00:00:00 grep wrf.exe
- Si hay algún proceso 'zombie' tendrá un tiempo de ejecución muy largo. Se observa que hay dos grupos distintos de procesos:
3-00:53:43 ./wrf.exe(3 días y 53 minutos) y1-04:50:56 ./wrf.exe(1 días 4 horas y 50 minutos) - Analizar donde está ejecutándose cada proceso
[pzaninelli@node47 ~]$ pwdx 17995 17995: /home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/phy1/run [pzaninelli@node47 ~]$ pwdx 23427 23427: /home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/control50k/run
- Del análisi anterior el nodo 47 sólo hospeda el job PBS
4432que se ejecuta en/home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/control50k. Así que los procesos del grupo (Ids de 17995 a 18015) que se ejecutan en/home/pzaninelli/workdir/SENSHeatWave03/sims/phy1/runson zombies. Así que ya se pueden eliminar
[pzaninelli@node47 ~]$ kill -9 $(seq 17995 18015)
- Ahora al buscar los procesos aprecen sólo los procesos dependiendo del job PBS
[pzaninelli@node47 ~]$ ps -ef | grep wrf.exe 1561 23401 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23402 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23403 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23404 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23405 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23406 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23407 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23408 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23409 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23410 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23411 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23412 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23413 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23414 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23415 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23416 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23417 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23418 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23419 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23420 23401 56 Apr09 ? 1-05:20:01 ./wrf.exe 1561 23421 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23422 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23423 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23424 23402 55 Apr09 ? 1-05:11:40 ./wrf.exe 1561 23425 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23426 23390 0 Apr09 ? 00:00:00 /bin/bash ./launch_pbs.bash ./wrf.exe 1561 23427 23404 55 Apr09 ? 1-04:54:40 ./wrf.exe 1561 23428 23405 55 Apr09 ? 1-05:11:37 ./wrf.exe 1561 23429 23406 56 Apr09 ? 1-05:37:15 ./wrf.exe 1561 23430 23417 56 Apr09 ? 1-05:40:07 ./wrf.exe 1561 23431 23407 56 Apr09 ? 1-05:30:09 ./wrf.exe 1561 23432 23421 56 Apr09 ? 1-05:19:26 ./wrf.exe 1561 23433 23415 55 Apr09 ? 1-05:09:19 ./wrf.exe 1561 23434 23403 55 Apr09 ? 1-04:54:05 ./wrf.exe 1561 23435 23426 55 Apr09 ? 1-05:01:22 ./wrf.exe 1561 23436 23419 55 Apr09 ? 1-05:12:17 ./wrf.exe 1561 23437 23414 56 Apr09 ? 1-05:21:10 ./wrf.exe 1561 23438 23409 55 Apr09 ? 1-05:01:46 ./wrf.exe 1561 23439 23411 55 Apr09 ? 1-05:03:41 ./wrf.exe 1561 23440 23408 55 Apr09 ? 1-05:04:38 ./wrf.exe 1561 23441 23410 55 Apr09 ? 1-04:58:56 ./wrf.exe 1561 23442 23423 56 Apr09 ? 1-05:25:47 ./wrf.exe 1561 23443 23422 56 Apr09 ? 1-05:31:58 ./wrf.exe 1561 23444 23413 56 Apr09 ? 1-05:40:00 ./wrf.exe 1561 23445 23425 55 Apr09 ? 1-05:16:06 ./wrf.exe 1561 23446 23412 56 Apr09 ? 1-05:39:17 ./wrf.exe 1561 23447 23418 57 Apr09 ? 1-05:50:49 ./wrf.exe 1561 23448 23416 56 Apr09 ? 1-05:20:11 ./wrf.exe 1561 27524 27474 0 12:37 pts/0 00:00:00 grep wrf.exe
- Se repite el proceso en el resto de los nodos y se observa cómo los nodos reducen su carga de trabajo
Ejemplo de descarga de los nodos 47, 50 y 53 después de matar un proceso 'zombie'
